66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6166 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6166  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  100 
 
 
239 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0997558  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5899  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  98.74 
 
 
239 aa  484  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545322 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  89.54 
 
 
239 aa  443  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614403  normal  0.0196017 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5121  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  86.97 
 
 
239 aa  434  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  86.97 
 
 
239 aa  434  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  86.55 
 
 
239 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.666649 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6510  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  78.22 
 
 
235 aa  374  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  0.029031 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2468  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  76.34 
 
 
250 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.171563 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4036  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  79.45 
 
 
244 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.368072  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0290  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  74.22 
 
 
237 aa  357  8e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.939123  normal  0.620425 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  75.44 
 
 
230 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612673  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2096  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  72.69 
 
 
236 aa  353  8.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49419  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2490  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  72.69 
 
 
236 aa  353  1e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0689284 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2586  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  72.05 
 
 
243 aa  343  1e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0193551  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0731  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  71.05 
 
 
243 aa  335  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.171697  normal  0.030389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1700  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  67.56 
 
 
231 aa  322  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.446294 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1447  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.96 
 
 
241 aa  322  4e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00984795  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  68.1 
 
 
259 aa  320  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00212827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3055  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.7 
 
 
254 aa  317  7.999999999999999e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0323  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.34 
 
 
255 aa  314  7e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0541289  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0859  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.49 
 
 
251 aa  311  3.9999999999999997e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38800  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  68.95 
 
 
250 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2251  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  63.11 
 
 
249 aa  310  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0593082  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  67.58 
 
 
250 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0099529  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3307  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  68.95 
 
 
270 aa  308  5e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0511  coenzyme PQQ synthesis protein C  65.49 
 
 
251 aa  308  5e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.33 
 
 
250 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4672  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.04 
 
 
251 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4825  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.6 
 
 
251 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.864658 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0407  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.6 
 
 
251 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0403  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.6 
 
 
251 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0378  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.6 
 
 
251 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1682  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  59.83 
 
 
250 aa  294  8e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41660  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  68.44 
 
 
250 aa  294  9e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177841  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2621  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  62.5 
 
 
240 aa  294  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2454  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  59.38 
 
 
232 aa  249  3e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.237207  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2177  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  51.34 
 
 
230 aa  229  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.744366  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0452  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.23 
 
 
250 aa  214  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3917  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.58 
 
 
256 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5766  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.08 
 
 
302 aa  209  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.56 
 
 
366 aa  207  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.99 
 
 
372 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0691  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  49.16 
 
 
283 aa  206  4e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.363937  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.57 
 
 
362 aa  203  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5990  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45 
 
 
266 aa  202  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62561  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  45.04 
 
 
361 aa  202  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6302  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.29 
 
 
251 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2361  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.73 
 
 
264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1149  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.09 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.35 
 
 
254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2031  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.49 
 
 
251 aa  194  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.439972 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0881  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  42.8 
 
 
258 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3421  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.84 
 
 
251 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157933  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1980  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  46.67 
 
 
249 aa  190  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0846  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44 
 
 
255 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.5 
 
 
255 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0193829 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.5 
 
 
255 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0079  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.95 
 
 
246 aa  186  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1801  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.4 
 
 
266 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0718323  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3321  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.95 
 
 
254 aa  185  6e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.304052 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0388  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.05 
 
 
255 aa  184  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0651674  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01590  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.95 
 
 
250 aa  179  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.700679  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1739  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  40.76 
 
 
252 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.686029 
 
 
-
 
NC_002978  WD0880  coenzyme PQQ synthesis protein C, putative  21.51 
 
 
219 aa  54.3  0.000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0900  coenzyme PQQ synthesis protein c, putative  24.73 
 
 
236 aa  48.1  0.0001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0755189  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2636  coenzyme PQQ synthesis C  20.35 
 
 
247 aa  43.9  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000230903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>