72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3055 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3055  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  100 
 
 		 254 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  80.08 
 
 		 259 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00212827 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0323  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  69.53 
 
 		 255 aa  370  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0541289  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1700  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  73.48 
 
 		 231 aa  368  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.446294 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6510  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  72.37 
 
 		 235 aa  353  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  0.029031 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2468  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.98 
 
 		 250 aa  339  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.171563 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5121  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.29 
 
 		 239 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.29 
 
 		 239 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.88 
 
 		 239 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.666649 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1447  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.64 
 
 		 241 aa  322  4e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00984795  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2251  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.78 
 
 		 249 aa  322  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0593082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0290  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.04 
 
 		 237 aa  321  7e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.939123  normal  0.620425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3307  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.96 
 
 		 270 aa  321  8e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1682  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  63.39 
 
 		 250 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38800  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.67 
 
 		 250 aa  318  7e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6166  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.7 
 
 		 239 aa  317  9e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0997558  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0378  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.5 
 
 		 251 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0407  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.5 
 
 		 251 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0403  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.5 
 
 		 251 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.07 
 
 		 250 aa  317  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5899  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.29 
 
 		 239 aa  316  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545322 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  63.87 
 
 		 239 aa  315  4e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614403  normal  0.0196017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4825  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.63 
 
 		 251 aa  314  8e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.864658 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2096  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.73 
 
 		 236 aa  311  7.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2490  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  64.73 
 
 		 236 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0689284 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0511  coenzyme PQQ synthesis protein C  63.64 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4672  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  63.64 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.37 
 
 		 250 aa  309  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0099529  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0859  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  62.45 
 
 		 251 aa  309  2.9999999999999997e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0731  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.18 
 
 		 243 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.171697  normal  0.030389 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  63.79 
 
 		 230 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612673  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2621  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  60.87 
 
 		 240 aa  300  1e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4036  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  63.2 
 
 		 244 aa  299  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.368072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41660  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.67 
 
 		 250 aa  295  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177841  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2586  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  61.23 
 
 		 243 aa  290  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0193551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2454  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  58.93 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.237207  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3917  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.74 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0452  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  49.78 
 
 		 250 aa  217  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2177  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  48.25 
 
 		 230 aa  215  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.744366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0691  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  48.29 
 
 		 283 aa  205  6e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.363937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.27 
 
 		 366 aa  199  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.27 
 
 		 372 aa  199  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5766  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.21 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2361  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  48.43 
 
 		 264 aa  198  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.59 
 
 		 362 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5990  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.62 
 
 		 266 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62561  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  42.45 
 
 		 361 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.97 
 
 		 254 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0881  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.44 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1149  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.29 
 
 		 253 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427046 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2031  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.05 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.439972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3421  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.53 
 
 		 251 aa  184  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157933  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1801  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.98 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0718323  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1980  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.81 
 
 		 249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6302  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  41.96 
 
 		 251 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3321  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  42.08 
 
 		 254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.304052 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1739  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.1 
 
 		 252 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.686029 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0846  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  41.2 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0388  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.16 
 
 		 255 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0651674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0079  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.29 
 
 		 246 aa  178  8e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  42.08 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  42.08 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0193829 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01590  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  41.99 
 
 		 250 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.700679  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0880  coenzyme PQQ synthesis protein C, putative  20.89 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3762  coenzyme PQQ synthesis C  26.03 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0845  TENA/THI-4 protein  23.2 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0369  TENA/THI-4 protein  22.75 
 
 		 234 aa  50.4  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.180108  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4350  TENA/THI-4 domain-containing protein  24.65 
 
 		 243 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3633  transcriptional activator, TenA family  24.2 
 
 		 238 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0900  coenzyme PQQ synthesis protein c, putative  21.83 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0755189  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1325  TenA/THI-4 protein  21.65 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1825  hypothetical protein  23.29 
 
 		 243 aa  42.7  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.429837  normal  0.202092 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>