More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3658 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3658  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  100 
 
 
334 aa  679    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.438551  normal  0.106477 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  36.34 
 
 
316 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2633  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.44 
 
 
338 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3042  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  31.17 
 
 
341 aa  144  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  31.74 
 
 
315 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  32.63 
 
 
350 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  32.64 
 
 
315 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  32.04 
 
 
329 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.04 
 
 
342 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1962  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.47 
 
 
335 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00495918  normal  0.0351342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0832  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.04 
 
 
313 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3900  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  31.1 
 
 
308 aa  142  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.637254  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.43 
 
 
311 aa  142  8e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  31.23 
 
 
311 aa  142  8e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  35.02 
 
 
323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03204  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  33.73 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0234008  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  30.27 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0061  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.61 
 
 
307 aa  140  3e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2157  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.13 
 
 
341 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000654385  normal  0.648077 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  30.65 
 
 
313 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  32.02 
 
 
313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  33.9 
 
 
311 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2367  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.88 
 
 
317 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0234131 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  32.72 
 
 
311 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1122  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.73 
 
 
324 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3486  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.78 
 
 
333 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  32.53 
 
 
356 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  33.56 
 
 
311 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  32.11 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3224  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.34 
 
 
319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00529527  normal  0.234301 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0234  purine nucleosidase  34.81 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0228  purine nucleosidase  34.81 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  32.72 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  32.11 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  32.42 
 
 
311 aa  137  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0050  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.23 
 
 
314 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000041602 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1896  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.47 
 
 
311 aa  136  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00667656  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  31.35 
 
 
309 aa  136  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3408  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.64 
 
 
324 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  32.42 
 
 
311 aa  135  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  32.42 
 
 
311 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  32.42 
 
 
311 aa  135  8e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1535  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.84 
 
 
313 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.250677 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  32.42 
 
 
311 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  32.42 
 
 
311 aa  135  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.56 
 
 
341 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4422  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.12 
 
 
321 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  31.34 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  30.68 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3859  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  31.86 
 
 
322 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000304796 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03052  hypothetical protein  35.71 
 
 
322 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0768  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.54 
 
 
305 aa  133  5e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.933184  normal  0.0267075 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  29.52 
 
 
310 aa  132  6e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2680  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  30.63 
 
 
322 aa  132  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3230  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.55 
 
 
333 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2460  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.8 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237882  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  29.31 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  32.11 
 
 
311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0753  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  30.15 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00064946  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  29.31 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  31.1 
 
 
311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.89 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  29.31 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  29.31 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0448  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  31.38 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  29.31 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  31.63 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2125  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.63 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.601271  normal  0.0156166 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  29.12 
 
 
310 aa  130  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  29 
 
 
313 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  29.67 
 
 
322 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1071  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.82 
 
 
315 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  29.71 
 
 
311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  30 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  30 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1443  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.36 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52753  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  31.72 
 
 
314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  29 
 
 
313 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0628  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  29.09 
 
 
320 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  29 
 
 
313 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  29.55 
 
 
335 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4253  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.34 
 
 
322 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1863  ribonucleoside hydrolase 1  30.96 
 
 
322 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.742774  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1105  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  34.01 
 
 
344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2450  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  30.81 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0651  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.8 
 
 
321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1256  IUNH family nucleoside hydrolase  32.26 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1182  IUNH family nucleoside hydrolase  30.81 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2617  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  30.09 
 
 
322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.82375  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4926  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  29.5 
 
 
380 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.983704  normal  0.154414 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  30.51 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  31.67 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  30.89 
 
 
310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2632  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  33.72 
 
 
319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2618  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.16 
 
 
369 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1555  hypothetical protein  30.25 
 
 
379 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0742  putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  34.9 
 
 
321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.84 
 
 
321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.377078  normal  0.0385761 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  33.33 
 
 
313 aa  126  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  31.12 
 
 
355 aa  125  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>