More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3859 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3859  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  100 
 
 
322 aa  657    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000304796 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4253  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  76.09 
 
 
322 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1122  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  73.29 
 
 
324 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  72.67 
 
 
324 aa  501  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3408  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  70.5 
 
 
324 aa  491  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03052  hypothetical protein  71.74 
 
 
322 aa  486  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2680  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  55.35 
 
 
322 aa  353  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3716  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  54.14 
 
 
319 aa  330  3e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4422  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  51.11 
 
 
321 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1256  IUNH family nucleoside hydrolase  51.25 
 
 
323 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1182  IUNH family nucleoside hydrolase  51.25 
 
 
441 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2450  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  51.25 
 
 
441 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1555  hypothetical protein  49.54 
 
 
379 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0742  putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  50 
 
 
321 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2632  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  49.06 
 
 
319 aa  302  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2802  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.53 
 
 
317 aa  299  4e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2618  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  48.06 
 
 
369 aa  279  5e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2125  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.54 
 
 
316 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.601271  normal  0.0156166 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1962  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.84 
 
 
328 aa  276  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2367  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.34 
 
 
317 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0234131 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1071  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  48.1 
 
 
315 aa  265  5.999999999999999e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1535  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.3 
 
 
313 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.250677 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0304  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.09 
 
 
319 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1840  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.35 
 
 
314 aa  238  8e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3506  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.35 
 
 
311 aa  229  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03204  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  42.86 
 
 
313 aa  226  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0234008  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.09 
 
 
313 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  42.09 
 
 
313 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  41.73 
 
 
313 aa  193  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  41.73 
 
 
313 aa  193  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  41.73 
 
 
313 aa  193  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  38.2 
 
 
313 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  41.37 
 
 
313 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  41.37 
 
 
313 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3224  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.1 
 
 
319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00529527  normal  0.234301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0225  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.87 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.226069  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  38.51 
 
 
356 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  40.43 
 
 
355 aa  186  6e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  39.73 
 
 
314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  35.49 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.72 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1475  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.34 
 
 
311 aa  183  3e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0546979  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04420  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  39.06 
 
 
313 aa  182  6e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.85 
 
 
310 aa  182  7e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  33.54 
 
 
310 aa  182  8.000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.23 
 
 
323 aa  181  1e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0577  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  37.59 
 
 
318 aa  181  1e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.113372 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5234  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.73 
 
 
309 aa  177  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604929  hitchhiker  0.000866911 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  38.21 
 
 
312 aa  177  3e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.14 
 
 
322 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2633  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.24 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  40.88 
 
 
313 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.88 
 
 
313 aa  173  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.15 
 
 
311 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3042  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.91 
 
 
341 aa  171  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.42 
 
 
315 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  40.57 
 
 
316 aa  171  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1443  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.98 
 
 
317 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52753  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2307  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.3 
 
 
330 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  39.42 
 
 
315 aa  170  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  36 
 
 
313 aa  169  6e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  37.87 
 
 
350 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  38.26 
 
 
329 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  39.11 
 
 
332 aa  168  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  39.11 
 
 
332 aa  168  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2617  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.37 
 
 
322 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.82375  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0642  ribonucleoside hydrolase RihC  32.78 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1962  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.28 
 
 
335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00495918  normal  0.0351342 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.15 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.83 
 
 
350 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  37.79 
 
 
308 aa  161  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0934  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.66 
 
 
313 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0837501  normal  0.0202173 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0386  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.59 
 
 
357 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2621  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.11 
 
 
320 aa  159  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.89 
 
 
318 aa  159  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1356  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.21 
 
 
311 aa  158  9e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2460  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.16 
 
 
322 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237882  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3104  twin-arginine translocation pathway signal  37.11 
 
 
350 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5263  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.11 
 
 
350 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.63 
 
 
342 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3486  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.51 
 
 
333 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2581  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  34.38 
 
 
309 aa  156  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3230  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.46 
 
 
333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618451 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1658  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.42 
 
 
320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5150  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.09 
 
 
350 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0832  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.67 
 
 
313 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0651  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.33 
 
 
321 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4624  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.76 
 
 
350 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122838  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0628  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.14 
 
 
320 aa  153  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2157  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.11 
 
 
341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000654385  normal  0.648077 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0234  purine nucleosidase  36.47 
 
 
311 aa  152  8e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0228  purine nucleosidase  36.47 
 
 
311 aa  152  8e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.76 
 
 
341 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0028  ribonucleoside hydrolase RihC  38.54 
 
 
304 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3373  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.96 
 
 
317 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  35.76 
 
 
310 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0030  ribonucleoside hydrolase RihC  39.16 
 
 
304 aa  149  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.719928  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0102  ribonucleoside hydrolase RihC  34.69 
 
 
302 aa  149  7e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000159714  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.33 
 
 
322 aa  149  9e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.16 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>