More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3408 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3408  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  100 
 
 
324 aa  659    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1122  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  81.79 
 
 
324 aa  549  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  76.78 
 
 
324 aa  524  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4253  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  73.91 
 
 
322 aa  501  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03052  hypothetical protein  73.29 
 
 
322 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3859  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  70.5 
 
 
322 aa  491  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000304796 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2680  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  54.49 
 
 
322 aa  351  8e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2450  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  49.22 
 
 
441 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1182  IUNH family nucleoside hydrolase  49.22 
 
 
441 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1555  hypothetical protein  47.96 
 
 
379 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1256  IUNH family nucleoside hydrolase  49.22 
 
 
323 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4422  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.95 
 
 
321 aa  318  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3716  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  48.73 
 
 
319 aa  305  7e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2632  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  48.58 
 
 
319 aa  302  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0742  putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  47.3 
 
 
321 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2802  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.63 
 
 
317 aa  295  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2618  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.5 
 
 
369 aa  280  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1962  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  48.94 
 
 
328 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2367  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.74 
 
 
317 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0234131 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2125  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.79 
 
 
316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.601271  normal  0.0156166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1535  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.82 
 
 
313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.250677 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1071  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.63 
 
 
315 aa  250  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1840  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.67 
 
 
314 aa  248  7e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94695  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0304  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  48.72 
 
 
319 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3506  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.81 
 
 
311 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03204  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  41.67 
 
 
313 aa  222  7e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0234008  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0225  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.1 
 
 
307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.226069  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  39.92 
 
 
309 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.63 
 
 
311 aa  191  2e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.15 
 
 
323 aa  188  9e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0577  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  38.87 
 
 
318 aa  186  6e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.113372 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.21 
 
 
313 aa  185  7e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  39.21 
 
 
313 aa  185  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  39.03 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  38.85 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  38.85 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  38.85 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  39.03 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  38.85 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  39.36 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2633  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.18 
 
 
338 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  38.21 
 
 
355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3042  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.45 
 
 
341 aa  179  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  37.18 
 
 
314 aa  179  8e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  37.55 
 
 
310 aa  178  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04420  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  37.32 
 
 
313 aa  177  2e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1475  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.91 
 
 
311 aa  177  2e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0546979  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3224  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.63 
 
 
319 aa  176  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00529527  normal  0.234301 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  37.07 
 
 
310 aa  175  9e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  39.54 
 
 
315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2307  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.03 
 
 
330 aa  172  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5234  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.59 
 
 
309 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604929  hitchhiker  0.000866911 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2581  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  36.11 
 
 
309 aa  171  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  37.28 
 
 
313 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.28 
 
 
313 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  37.23 
 
 
312 aa  169  4e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.4 
 
 
311 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.45 
 
 
322 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0628  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.89 
 
 
320 aa  166  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  38.76 
 
 
316 aa  166  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.24 
 
 
315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0028  ribonucleoside hydrolase RihC  40.35 
 
 
304 aa  165  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0030  ribonucleoside hydrolase RihC  41.05 
 
 
304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.719928  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.56 
 
 
342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  36.03 
 
 
332 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  36.03 
 
 
332 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0934  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.16 
 
 
313 aa  163  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0837501  normal  0.0202173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  37.17 
 
 
329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0034  ribonucleoside hydrolase RihC  40.7 
 
 
304 aa  162  8.000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0032  ribonucleoside hydrolase RihC  40.35 
 
 
304 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.35 
 
 
304 aa  162  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  38.08 
 
 
350 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.63 
 
 
318 aa  161  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0032  ribonucleoside hydrolase RihC  40.35 
 
 
304 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1962  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40 
 
 
335 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00495918  normal  0.0351342 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.66 
 
 
311 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3486  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.53 
 
 
333 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2157  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.52 
 
 
341 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000654385  normal  0.648077 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00034  ribonucleoside hydrolase 3  40 
 
 
304 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00939814  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  35.27 
 
 
308 aa  159  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00033  hypothetical protein  40 
 
 
303 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00634591  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2460  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.15 
 
 
322 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237882  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3809  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.05 
 
 
328 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0642  ribonucleoside hydrolase RihC  33.21 
 
 
302 aa  157  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.88 
 
 
341 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0055  ribonucleoside hydrolase RihC  39.08 
 
 
306 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  39.08 
 
 
306 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.696065 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  39.08 
 
 
306 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.594312  normal  0.222927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2621  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.69 
 
 
320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3230  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.39 
 
 
333 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  35.21 
 
 
310 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2260  IUNH family nucleoside hydrolase  34.84 
 
 
326 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0058  ribonucleoside hydrolase RihC  39.08 
 
 
306 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28400  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  35.41 
 
 
320 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3373  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.8 
 
 
317 aa  154  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0558  inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  32.59 
 
 
317 aa  154  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000277639  hitchhiker  0.000000766068 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  34.25 
 
 
313 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0552  ribonucleoside hydrolase RihC  38.95 
 
 
305 aa  153  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1356  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.04 
 
 
311 aa  153  5e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2617  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.14 
 
 
322 aa  152  8e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.82375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>