More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0577 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0577  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  100 
 
 
318 aa  644    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.113372 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1658  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  56.51 
 
 
320 aa  363  1e-99  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1062  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  50.86 
 
 
351 aa  322  4e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.778031  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0296  inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  51.47 
 
 
318 aa  310  2e-83  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0798  inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  52.12 
 
 
319 aa  306  3e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.190836  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0120  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  35.71 
 
 
395 aa  209  7e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.134348  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  38.22 
 
 
309 aa  194  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1122  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.86 
 
 
324 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4253  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.21 
 
 
322 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.35 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.58 
 
 
324 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0628  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.56 
 
 
320 aa  188  9e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3408  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.87 
 
 
324 aa  186  6e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  37.54 
 
 
308 aa  186  7e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.93 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03052  hypothetical protein  38.08 
 
 
322 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.81 
 
 
315 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3859  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.59 
 
 
322 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000304796 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6548  Ribosylpyrimidine nucleosidase  37.68 
 
 
312 aa  179  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.527968  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.87 
 
 
318 aa  179  8e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0225  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.46 
 
 
307 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.226069  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3224  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.96 
 
 
319 aa  176  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00529527  normal  0.234301 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2632  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  37.32 
 
 
319 aa  175  7e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4422  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.71 
 
 
321 aa  176  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3042  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.04 
 
 
341 aa  175  9e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  34.8 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  32.8 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0753  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.28 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00064946  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2633  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.63 
 
 
338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  34.59 
 
 
311 aa  172  5e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  32.48 
 
 
313 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.48 
 
 
313 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1981  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.38 
 
 
313 aa  172  6.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.842213  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0742  putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  35.6 
 
 
321 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1840  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.18 
 
 
314 aa  170  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1535  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.54 
 
 
313 aa  170  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.250677 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  36.48 
 
 
356 aa  169  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5234  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.42 
 
 
309 aa  169  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604929  hitchhiker  0.000866911 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  34.21 
 
 
310 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2680  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.88 
 
 
322 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2581  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  33.12 
 
 
309 aa  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  36.08 
 
 
350 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  34.31 
 
 
314 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1555  hypothetical protein  34.36 
 
 
379 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  36.08 
 
 
329 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.88 
 
 
322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  32.69 
 
 
311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2260  IUNH family nucleoside hydrolase  33.23 
 
 
326 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  32.69 
 
 
311 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  32.69 
 
 
311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  32.69 
 
 
311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  32.69 
 
 
311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  32.69 
 
 
311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  32.37 
 
 
311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  32.37 
 
 
311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  32.69 
 
 
311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  32.37 
 
 
311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  34.53 
 
 
310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  35.65 
 
 
313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  32.37 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  32.37 
 
 
311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  32.37 
 
 
311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.33 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  35.33 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1475  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.11 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0546979  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1256  IUNH family nucleoside hydrolase  34.05 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2450  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  34.05 
 
 
441 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  36.04 
 
 
355 aa  163  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1182  IUNH family nucleoside hydrolase  34.05 
 
 
441 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3900  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.71 
 
 
308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.637254  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.08 
 
 
311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  35.02 
 
 
313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0934  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.65 
 
 
313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0837501  normal  0.0202173 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  35.02 
 
 
313 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  35.02 
 
 
313 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  31.19 
 
 
310 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2307  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  32.1 
 
 
330 aa  162  7e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1971  IUNH family nucleoside hydrolase  32.58 
 
 
326 aa  162  7e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.260258  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  34.7 
 
 
313 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  34.7 
 
 
313 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  34.3 
 
 
312 aa  160  2e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  30.45 
 
 
313 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  33.12 
 
 
332 aa  160  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  33.12 
 
 
332 aa  160  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  34.62 
 
 
316 aa  159  5e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1901  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.09 
 
 
316 aa  159  6e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0797  ribonucleoside hydrolase RihC  34.41 
 
 
310 aa  159  7e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0129973  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  29.43 
 
 
314 aa  158  1e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3506  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.31 
 
 
311 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04420  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  33.77 
 
 
313 aa  157  2e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0050  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.54 
 
 
314 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000041602 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0304  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.14 
 
 
319 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0651  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.51 
 
 
321 aa  155  6e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.07 
 
 
321 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.377078  normal  0.0385761 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0647  ribonucleoside hydrolase 1  33.33 
 
 
318 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.472051 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2618  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.5 
 
 
369 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  31.73 
 
 
311 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3476  ribonucleoside hydrolase 1  32.57 
 
 
318 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3306  ribonucleoside hydrolase 1  32.57 
 
 
318 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2802  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.64 
 
 
317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  0.253524 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>