More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2975 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  100 
 
 
311 aa  639    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  100 
 
 
311 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  99.36 
 
 
311 aa  637    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  98.71 
 
 
311 aa  634    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  99.36 
 
 
311 aa  635    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  100 
 
 
311 aa  639    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  99.68 
 
 
311 aa  637    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  99.68 
 
 
311 aa  637    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  98.07 
 
 
311 aa  625  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  92.6 
 
 
311 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  93.57 
 
 
311 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  92.93 
 
 
311 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  92.6 
 
 
311 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  92.28 
 
 
311 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  86.5 
 
 
313 aa  567  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1120  ribonucleoside hydrolase 1  70.1 
 
 
312 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3306  ribonucleoside hydrolase 1  72.26 
 
 
318 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3476  ribonucleoside hydrolase 1  72.26 
 
 
318 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0697  ribonucleoside hydrolase 1  71.52 
 
 
335 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0811  ribonucleoside hydrolase 1  71.61 
 
 
318 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3647  ribonucleoside hydrolase 1  71.94 
 
 
318 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410931  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0647  ribonucleoside hydrolase 1  71.94 
 
 
318 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.472051 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3178  ribonucleoside hydrolase 1  70.97 
 
 
318 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0660  ribonucleoside hydrolase 1  71.94 
 
 
318 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3770  ribonucleoside hydrolase 1  71.29 
 
 
318 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1049  ribonucleoside hydrolase 1  70.97 
 
 
312 aa  463  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0940  ribonucleoside hydrolase 1  70.65 
 
 
311 aa  463  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.019412  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3579  ribonucleoside hydrolase 1  71.61 
 
 
318 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  69.35 
 
 
310 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1863  ribonucleoside hydrolase 1  69.06 
 
 
322 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.742774  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  61.29 
 
 
310 aa  397  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  57.69 
 
 
314 aa  367  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6548  Ribosylpyrimidine nucleosidase  55.37 
 
 
312 aa  346  3e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.527968  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1981  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  52.77 
 
 
313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.842213  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  50.82 
 
 
315 aa  292  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  50.5 
 
 
313 aa  290  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.84 
 
 
313 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  46.58 
 
 
311 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.51 
 
 
311 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  49.51 
 
 
313 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  46.91 
 
 
323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  46.62 
 
 
309 aa  278  7e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  49.51 
 
 
315 aa  277  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.35 
 
 
318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0050  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.84 
 
 
314 aa  269  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000041602 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0753  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.18 
 
 
310 aa  265  7e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00064946  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  42.67 
 
 
310 aa  256  4e-67  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  42.48 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0448  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  48.69 
 
 
314 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  43.32 
 
 
314 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0934  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.6 
 
 
313 aa  252  5.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0837501  normal  0.0202173 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0234  purine nucleosidase  45.37 
 
 
311 aa  251  1e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.9 
 
 
321 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.377078  normal  0.0385761 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0228  purine nucleosidase  45.37 
 
 
311 aa  251  1e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  43.93 
 
 
355 aa  249  3e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.57 
 
 
314 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140534 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.98 
 
 
311 aa  248  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  45.31 
 
 
332 aa  248  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  45.31 
 
 
332 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  41.97 
 
 
356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.69 
 
 
322 aa  242  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.87 
 
 
310 aa  238  8e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0672  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.48 
 
 
306 aa  238  9e-62  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  42.77 
 
 
312 aa  236  3e-61  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.27 
 
 
335 aa  236  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0017  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.72 
 
 
317 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0017  Ribosylpyrimidine nucleosidase  41.4 
 
 
317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.2 
 
 
313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  40.2 
 
 
313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  39.87 
 
 
313 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  39.87 
 
 
313 aa  231  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  39.87 
 
 
313 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  39.87 
 
 
313 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  39.54 
 
 
313 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  39.54 
 
 
313 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3659  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.91 
 
 
313 aa  229  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.121445  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  43.46 
 
 
350 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4624  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.3 
 
 
350 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122838  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43 
 
 
342 aa  225  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  44.48 
 
 
306 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.696065 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04420  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  40.82 
 
 
313 aa  225  8e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  44.48 
 
 
306 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.594312  normal  0.222927 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0642  ribonucleoside hydrolase RihC  41.16 
 
 
302 aa  224  1e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0055  ribonucleoside hydrolase RihC  44.41 
 
 
306 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  43.14 
 
 
329 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  44.44 
 
 
316 aa  224  2e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0797  ribonucleoside hydrolase RihC  40.94 
 
 
310 aa  223  3e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0129973  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1442  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.68 
 
 
316 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.792363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.35 
 
 
341 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0058  ribonucleoside hydrolase RihC  44.41 
 
 
306 aa  221  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5150  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.32 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0386  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.65 
 
 
357 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1962  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.04 
 
 
335 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00495918  normal  0.0351342 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0030  ribonucleoside hydrolase RihC  45.31 
 
 
304 aa  219  7e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.719928  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2157  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.16 
 
 
341 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000654385  normal  0.648077 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.01 
 
 
304 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0032  ribonucleoside hydrolase RihC  44.98 
 
 
304 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0057  ribonucleoside hydrolase RihC  45.39 
 
 
306 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.342327  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2548  putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase transmembrane protein  43.28 
 
 
351 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3104  twin-arginine translocation pathway signal  42.67 
 
 
350 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>