More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3486 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3486  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  100 
 
 
333 aa  673    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3230  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  94.29 
 
 
333 aa  639    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2460  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  94.72 
 
 
322 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237882  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1962  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  93.27 
 
 
335 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00495918  normal  0.0351342 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  76.12 
 
 
342 aa  521  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2157  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  74.77 
 
 
341 aa  507  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000654385  normal  0.648077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  75 
 
 
341 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  71.79 
 
 
329 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  69.14 
 
 
350 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0832  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  67.86 
 
 
313 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0934  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.73 
 
 
313 aa  296  5e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0837501  normal  0.0202173 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4624  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.28 
 
 
350 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122838  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5150  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.95 
 
 
350 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3104  twin-arginine translocation pathway signal  46.28 
 
 
350 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5263  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.28 
 
 
350 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0448  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  49.52 
 
 
314 aa  289  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0386  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.28 
 
 
357 aa  289  4e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.75 
 
 
311 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.63 
 
 
350 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  46.43 
 
 
332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  46.43 
 
 
332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.44 
 
 
315 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  48.05 
 
 
321 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.377078  normal  0.0385761 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.45 
 
 
311 aa  277  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.66 
 
 
318 aa  276  3e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.08 
 
 
314 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140534 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.95 
 
 
313 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  47.27 
 
 
315 aa  275  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  46.95 
 
 
313 aa  275  8e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0050  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.16 
 
 
314 aa  270  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000041602 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2548  putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase transmembrane protein  43.45 
 
 
351 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  42.86 
 
 
316 aa  242  7.999999999999999e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  40.74 
 
 
323 aa  238  8e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  40 
 
 
309 aa  232  7.000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.58 
 
 
335 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1443  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.48 
 
 
317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52753  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  42.66 
 
 
310 aa  224  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0017  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.57 
 
 
317 aa  220  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  42.48 
 
 
311 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  42.16 
 
 
311 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.23 
 
 
322 aa  219  7e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  42.48 
 
 
311 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  42.16 
 
 
311 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2617  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.9 
 
 
322 aa  218  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.82375  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0017  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.56 
 
 
317 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  41.18 
 
 
311 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1442  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.87 
 
 
316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.792363  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  41.18 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  41.18 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  41.18 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  41.18 
 
 
311 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  41.18 
 
 
311 aa  212  5.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  41.26 
 
 
313 aa  212  7e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  41.26 
 
 
313 aa  212  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  41.18 
 
 
311 aa  212  7e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  41.26 
 
 
313 aa  212  7e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  41.18 
 
 
311 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.26 
 
 
313 aa  212  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  41.26 
 
 
313 aa  212  9e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  39.48 
 
 
313 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.64 
 
 
311 aa  211  1e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  41.18 
 
 
311 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  40.91 
 
 
313 aa  210  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  40.91 
 
 
313 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  40.91 
 
 
313 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  40.63 
 
 
310 aa  209  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  40.52 
 
 
311 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.81 
 
 
308 aa  207  2e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0234  purine nucleosidase  36.33 
 
 
311 aa  203  4e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0228  purine nucleosidase  36.33 
 
 
311 aa  203  4e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2618  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.38 
 
 
316 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.568847  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1863  ribonucleoside hydrolase 1  38.08 
 
 
322 aa  199  7e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.742774  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1120  ribonucleoside hydrolase 1  38.56 
 
 
312 aa  199  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0811  ribonucleoside hydrolase 1  38.44 
 
 
318 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0647  ribonucleoside hydrolase 1  38.76 
 
 
318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.472051 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1049  ribonucleoside hydrolase 1  38.24 
 
 
312 aa  196  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3770  ribonucleoside hydrolase 1  38.74 
 
 
318 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3178  ribonucleoside hydrolase 1  39.07 
 
 
318 aa  195  9e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3306  ribonucleoside hydrolase 1  38.44 
 
 
318 aa  195  9e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  36.81 
 
 
310 aa  195  9e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3476  ribonucleoside hydrolase 1  38.44 
 
 
318 aa  195  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04420  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  39.57 
 
 
313 aa  194  2e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0660  ribonucleoside hydrolase 1  38.41 
 
 
318 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0697  ribonucleoside hydrolase 1  37.62 
 
 
335 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  36.71 
 
 
310 aa  193  3e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3647  ribonucleoside hydrolase 1  38.08 
 
 
318 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410931  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3579  ribonucleoside hydrolase 1  37.91 
 
 
318 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1981  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.842213  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0940  ribonucleoside hydrolase 1  37.91 
 
 
311 aa  190  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.019412  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6548  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.03 
 
 
312 aa  185  8e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.527968  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  38.49 
 
 
312 aa  185  9e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  34.74 
 
 
314 aa  178  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  36.24 
 
 
314 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2307  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.22 
 
 
330 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  34.09 
 
 
355 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.21 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  34.42 
 
 
356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3042  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.13 
 
 
341 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3240  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.2 
 
 
302 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.206902  normal  0.22308 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0154  ribonucleoside hydrolase RihC  38.15 
 
 
296 aa  170  4e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>