258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3347 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0744  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  94.03 
 
 		 335 aa  661    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3635  extracellular solute-binding protein family 1  92.54 
 
 		 335 aa  653    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.84257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3817  extracellular solute-binding protein  93.13 
 
 		 335 aa  657    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.890047 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3693  extracellular solute-binding protein  92.24 
 
 		 335 aa  650    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0002551  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3347  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 335 aa  698    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0606  extracellular solute-binding protein  99.4 
 
 		 335 aa  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3517  extracellular solute-binding protein  97.31 
 
 		 335 aa  679    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3227  extracellular solute-binding protein  88.96 
 
 		 335 aa  623  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0636  extracellular solute-binding protein  77.01 
 
 		 335 aa  545  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.632135  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0996  extracellular solute-binding protein  74.33 
 
 		 335 aa  530  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0945  extracellular solute-binding protein  72.54 
 
 		 335 aa  526  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.248074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0861  extracellular solute-binding protein  72.84 
 
 		 335 aa  520  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0666  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  73.73 
 
 		 335 aa  518  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0053906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0844  extracellular solute-binding protein  69.85 
 
 		 335 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.680673  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2588  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  63.69 
 
 		 337 aa  464  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3007  ABC iron(III) transporter periplasmic binding protein  62.09 
 
 		 339 aa  461  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.050744  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03435  hypothetical protein  60.78 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0137  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  61.72 
 
 		 352 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000186976  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002574  ferric iron ABC transporter iron-binding protein  59.94 
 
 		 337 aa  442  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000722094  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0601  extracellular solute-binding protein  94.42 
 
 		 215 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1012  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  60.98 
 
 		 335 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.676586  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0783  periplasmic iron-binding protein  59.57 
 
 		 338 aa  415  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1092  extracellular solute-binding protein  60.38 
 
 		 337 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000221625  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0769  extracellular solute-binding protein  54.22 
 
 		 347 aa  381  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.302389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0170  extracellular solute-binding protein  53.71 
 
 		 349 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0327  extracellular solute-binding protein  53.27 
 
 		 346 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0824216 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1557  extracellular solute-binding protein  51.86 
 
 		 336 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.456805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2913  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.86 
 
 		 336 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1108  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 336 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.048242 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4631  extracellular solute-binding protein family 1  48.58 
 
 		 336 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.464324  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6369  extracellular solute-binding protein family 1  48.36 
 
 		 345 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.290821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3947  extracellular solute-binding protein  48.43 
 
 		 338 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000383863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5861  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 		 345 aa  322  6e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.492379 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1439  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 		 337 aa  322  8e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0700  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  47.45 
 
 		 338 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1346  extracellular solute-binding protein family 1  46.29 
 
 		 349 aa  320  3e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0473337  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0655  putative iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  47.88 
 
 		 380 aa  319  5e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2989  extracellular solute-binding protein family 1  46.29 
 
 		 348 aa  318  7e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0464  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  47.78 
 
 		 351 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.224989  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2856  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  47.78 
 
 		 347 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0688  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  47.78 
 
 		 351 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.163198  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2093  extracellular solute-binding protein  47.66 
 
 		 347 aa  316  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3764  extracellular solute-binding protein  46.73 
 
 		 362 aa  316  3e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4447  extracellular solute-binding protein  48.56 
 
 		 337 aa  316  4e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1182  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  47.78 
 
 		 351 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1777  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  47.78 
 
 		 351 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476301  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1378  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  47.78 
 
 		 351 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1511  ABC transporter, substrate binding protein  47.78 
 
 		 351 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1382  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  47.78 
 
 		 351 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.560702  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1463  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 		 338 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.46603 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3824  extracellular solute-binding protein  47.58 
 
 		 338 aa  315  8e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1093  extracellular solute-binding protein  47.48 
 
 		 347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0730  extracellular solute-binding protein  47.17 
 
 		 347 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1210  extracellular solute-binding protein  47.17 
 
 		 347 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13233  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4318  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  46.86 
 
 		 347 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.434511  normal  0.628753 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1183  extracellular solute-binding protein  47.19 
 
 		 347 aa  311  9e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0923795  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1093  extracellular solute-binding protein  47.17 
 
 		 347 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6288  extracellular solute-binding protein  43.58 
 
 		 341 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0570  extracellular solute-binding protein  44.92 
 
 		 341 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0579  extracellular solute-binding protein family 1  45.23 
 
 		 341 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3699  extracellular solute-binding protein family 1  45.17 
 
 		 354 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0543  extracellular solute-binding protein family 1  43.2 
 
 		 341 aa  299  4e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0299  extracellular solute-binding protein family 1  45.23 
 
 		 345 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0978527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1529  extracellular solute-binding protein  44.93 
 
 		 355 aa  286  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0014925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0455  extracellular solute-binding protein  45.4 
 
 		 345 aa  277  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.479907  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2574  extracellular solute-binding protein  41.88 
 
 		 339 aa  275  6e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232421 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0549  extracellular solute-binding protein  42.81 
 
 		 341 aa  263  3e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0429047  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1596  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 		 351 aa  258  7e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.924744  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  41.51 
 
 		 337 aa  251  9.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1188  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.244132  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3844  extracellular solute-binding protein  40.72 
 
 		 347 aa  250  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  hitchhiker  0.0000000311792 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1547  ABC iron transporter, periplasmic binding protein  39.81 
 
 		 374 aa  247  2e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.231784  normal  0.33336 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1728  extracellular solute-binding protein  39.51 
 
 		 374 aa  246  3e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.224389  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0189  putative iron-binding protein  40.58 
 
 		 346 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.120226  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2758  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 		 347 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1443  extracellular solute-binding protein family 1  39.81 
 
 		 365 aa  239  4e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1469  extracellular solute-binding protein family 1  39.81 
 
 		 365 aa  239  4e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0990  ABC transporter, iron binding protein  39.7 
 
 		 349 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.599077 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1409  iron transport system substrate-binding protein  39.34 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3754  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 		 355 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.684526  normal  0.0834035 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2587  extracellular solute-binding protein family 1  39.71 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  41.32 
 
 		 334 aa  238  2e-61  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1371  putative iron binding protein component of ABC iron transporter  43.65 
 
 		 347 aa  237  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0897  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  40.38 
 
 		 341 aa  236  5.0000000000000005e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0128  extracellular solute-binding protein  38.66 
 
 		 347 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0515184  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68900  putative binding protein component of ABC iron transporter  38.87 
 
 		 332 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.940616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3377  extracellular solute-binding protein  39.87 
 
 		 349 aa  235  7e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1200  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 		 337 aa  235  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1056  extracellular solute-binding protein  40.38 
 
 		 337 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5021  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 		 333 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5196  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  36.65 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0179  extracellular solute-binding protein  42.46 
 
 		 341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.405977  normal  0.1363 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5256  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 333 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1181  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  39.14 
 
 		 347 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0582814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5962  putative iron ABC transporter binding protein subunit  38.24 
 
 		 332 aa  233  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5103  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 333 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  37.77 
 
 		 350 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  39.27 
 
 		 350 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0189  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  40.45 
 
 		 334 aa  231  2e-59  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0115  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  39.63 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>