More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3342 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3342  two component Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 178 aa  360  6e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.180558 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3529  response regulator receiver protein  71.43 
 
 		 183 aa  263  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3707  response regulator receiver protein  71.43 
 
 		 183 aa  263  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  72.67 
 
 		 200 aa  261  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0426  response regulator receiver protein  70.29 
 
 		 183 aa  260  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0602  response regulator receiver  70.06 
 
 		 183 aa  256  8e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0590  two component Fis family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 188 aa  256  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4172  DNA-binding response regulator  71.43 
 
 		 183 aa  255  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3876  two component Fis family transcriptional regulator  70.29 
 
 		 183 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0454  two component Fis family transcriptional regulator  70.29 
 
 		 183 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0438  two component Fis family transcriptional regulator  70.29 
 
 		 183 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0464  two component transcriptional regulator, Fis family  70.29 
 
 		 183 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0521  two component Fis family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 183 aa  249  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  66.86 
 
 		 179 aa  240  9e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  66.67 
 
 		 180 aa  236  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3186  response regulator receiver protein  62.15 
 
 		 178 aa  227  8e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  57.71 
 
 		 186 aa  199  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  50.29 
 
 		 183 aa  179  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  52.3 
 
 		 180 aa  177  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 179 aa  175  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  51.74 
 
 		 180 aa  174  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 180 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 180 aa  169  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 180 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  51.72 
 
 		 180 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  51.72 
 
 		 180 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 180 aa  168  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 180 aa  168  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  51.72 
 
 		 180 aa  168  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  49.41 
 
 		 178 aa  167  8e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  51.15 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  51.15 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  51.15 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3711  two component transcriptional regulator, Fis family  48.63 
 
 		 192 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3388  two component transcriptional regulator, Fis family  48.63 
 
 		 192 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0040  response regulator transcription regulator protein  48.09 
 
 		 192 aa  161  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  51.18 
 
 		 177 aa  160  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 187 aa  158  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2149  response regulator receiver protein  47.13 
 
 		 192 aa  157  7e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0520959  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  49.42 
 
 		 180 aa  155  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2064  two component Fis family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 192 aa  156  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1522  two component transcriptional regulator, Fis family  48.26 
 
 		 189 aa  154  9e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  47.65 
 
 		 187 aa  152  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  47.65 
 
 		 187 aa  151  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  45.6 
 
 		 187 aa  151  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  45.88 
 
 		 183 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  41.62 
 
 		 191 aa  148  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  44.12 
 
 		 184 aa  148  4e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00797  two-component system regulatory protein  46.51 
 
 		 178 aa  147  5e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0209554  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 187 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 		 186 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 187 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  42.6 
 
 		 171 aa  147  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 187 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 186 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  49.43 
 
 		 179 aa  143  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  44.32 
 
 		 186 aa  140  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  46.47 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3895  two component Fis family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 182 aa  139  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2880  response regulator receiver protein  45.76 
 
 		 178 aa  140  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00796825  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  46.47 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 194 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0063  two component response regulator  42.94 
 
 		 191 aa  139  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  43.41 
 
 		 206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 186 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  43.93 
 
 		 177 aa  136  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3370  response regulator receiver protein  43.93 
 
 		 175 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  43.43 
 
 		 188 aa  134  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0299  two component Fis family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 177 aa  134  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0321  response regulator receiver protein  44 
 
 		 186 aa  134  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0435098 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  43.27 
 
 		 209 aa  134  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  43.27 
 
 		 200 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 		 200 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  40.24 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  40.24 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  45.14 
 
 		 184 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  43.27 
 
 		 199 aa  132  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  42.6 
 
 		 192 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 184 aa  132  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 198 aa  132  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 208 aa  130  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  40.94 
 
 		 195 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  42.01 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3325  two component Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 199 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0552341 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  43.1 
 
 		 184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4363  two component Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 199 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  40.94 
 
 		 184 aa  128  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 184 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  40.35 
 
 		 184 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0170  two component Fis family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 184 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.485216  normal  0.727058 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7660  two-component transcriptional regulator RegR  39.43 
 
 		 224 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  39.77 
 
 		 184 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  39.77 
 
 		 184 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0150  two component Fis family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>