More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3002 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
180 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  100 
 
 
180 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  98.33 
 
 
180 aa  362  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  98.33 
 
 
180 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  98.33 
 
 
180 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  98.33 
 
 
180 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  96.11 
 
 
180 aa  355  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  91.67 
 
 
180 aa  338  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  91.67 
 
 
180 aa  338  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  91.67 
 
 
180 aa  338  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  91.67 
 
 
180 aa  338  2e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  91.67 
 
 
180 aa  338  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  91.67 
 
 
180 aa  338  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  91.67 
 
 
180 aa  338  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  91.11 
 
 
180 aa  337  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  77.22 
 
 
180 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  76.11 
 
 
180 aa  282  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  75.56 
 
 
180 aa  281  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3388  two component transcriptional regulator, Fis family  64.67 
 
 
192 aa  230  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3711  two component transcriptional regulator, Fis family  64.67 
 
 
192 aa  230  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  67.03 
 
 
187 aa  229  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0040  response regulator transcription regulator protein  64.67 
 
 
192 aa  228  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  66.67 
 
 
206 aa  216  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  54.19 
 
 
183 aa  194  8.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  58.33 
 
 
180 aa  186  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  57.23 
 
 
177 aa  186  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  52.27 
 
 
178 aa  181  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  51.14 
 
 
187 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  50.57 
 
 
187 aa  175  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  51.7 
 
 
183 aa  174  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
179 aa  174  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  52.3 
 
 
200 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3529  response regulator receiver protein  52.54 
 
 
183 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3707  response regulator receiver protein  52.54 
 
 
183 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  50.57 
 
 
184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4172  DNA-binding response regulator  50.85 
 
 
183 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  52.27 
 
 
187 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  51.14 
 
 
187 aa  169  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0426  response regulator receiver protein  51.41 
 
 
183 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3342  two component Fis family transcriptional regulator  51.72 
 
 
178 aa  168  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.180558 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  52.27 
 
 
186 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  52.27 
 
 
187 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  52.27 
 
 
187 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3895  two component Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
182 aa  166  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1522  two component transcriptional regulator, Fis family  51.16 
 
 
189 aa  166  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  50.57 
 
 
186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  52.27 
 
 
186 aa  164  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  52.27 
 
 
186 aa  164  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0590  two component Fis family transcriptional regulator  49.72 
 
 
188 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0602  response regulator receiver  49.15 
 
 
183 aa  164  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0521  two component Fis family transcriptional regulator  49.15 
 
 
183 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0438  two component Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
183 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3876  two component Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
183 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0454  two component Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
183 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  52.25 
 
 
179 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0464  two component transcriptional regulator, Fis family  49.71 
 
 
183 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  50 
 
 
186 aa  161  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  50.57 
 
 
186 aa  160  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  46.29 
 
 
186 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00797  two-component system regulatory protein  48.26 
 
 
178 aa  158  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0209554  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3186  response regulator receiver protein  46.82 
 
 
178 aa  156  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2064  two component Fis family transcriptional regulator  50.86 
 
 
192 aa  156  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  47.13 
 
 
180 aa  155  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2149  response regulator receiver protein  51.43 
 
 
192 aa  155  3e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0520959  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  50.55 
 
 
179 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  45.25 
 
 
184 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0574  two component transcriptional regulator, Fis family  44.94 
 
 
184 aa  150  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  47.19 
 
 
199 aa  149  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  48.85 
 
 
208 aa  149  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  47.19 
 
 
198 aa  149  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  47.43 
 
 
184 aa  149  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7660  two-component transcriptional regulator RegR  45.4 
 
 
224 aa  148  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2880  response regulator receiver protein  50.27 
 
 
178 aa  148  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00796825  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  45.51 
 
 
195 aa  148  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  46.37 
 
 
200 aa  148  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4363  two component Fis family transcriptional regulator  46.93 
 
 
199 aa  148  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  46.89 
 
 
188 aa  148  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  45.56 
 
 
191 aa  148  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  46.37 
 
 
209 aa  147  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  44.94 
 
 
184 aa  147  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  46.37 
 
 
200 aa  147  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  44.94 
 
 
184 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0321  response regulator receiver protein  46.93 
 
 
186 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0435098 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2271  two component transcriptional regulator, Fis family  51.12 
 
 
177 aa  145  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2781  two component Fis family transcriptional regulator  51.12 
 
 
177 aa  145  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  47.7 
 
 
194 aa  145  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2343  two component transcriptional regulator, Fis family  46.24 
 
 
185 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.888574  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1607  two component Fis family transcriptional regulator  46.24 
 
 
185 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.016434  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2255  two component transcriptional regulator, Fis family  46.24 
 
 
185 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0449716  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  45.98 
 
 
171 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  46.51 
 
 
192 aa  144  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  44.94 
 
 
184 aa  144  5e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  45.86 
 
 
184 aa  144  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  46.51 
 
 
192 aa  144  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  48.62 
 
 
177 aa  144  7.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0299  two component Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 
177 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4063  two component Fis family transcriptional regulator  49.43 
 
 
178 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.309785  normal  0.299316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  46.82 
 
 
182 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  42.7 
 
 
184 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  42.7 
 
 
184 aa  141  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>