More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4069 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
200 aa  407  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  78.09 
 
 
179 aa  291  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0590  two component Fis family transcriptional regulator  75.42 
 
 
188 aa  277  8e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0454  two component Fis family transcriptional regulator  75.29 
 
 
183 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3876  two component Fis family transcriptional regulator  75.29 
 
 
183 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0438  two component Fis family transcriptional regulator  75.29 
 
 
183 aa  265  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3529  response regulator receiver protein  75.86 
 
 
183 aa  264  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3707  response regulator receiver protein  75.86 
 
 
183 aa  264  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4172  DNA-binding response regulator  76.44 
 
 
183 aa  264  7e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0464  two component transcriptional regulator, Fis family  75.29 
 
 
183 aa  263  1e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3342  two component Fis family transcriptional regulator  72.67 
 
 
178 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.180558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0521  two component Fis family transcriptional regulator  76.44 
 
 
183 aa  261  6e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0426  response regulator receiver protein  74.71 
 
 
183 aa  261  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  72.88 
 
 
180 aa  257  6e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0602  response regulator receiver  72.16 
 
 
183 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3186  response regulator receiver protein  66.67 
 
 
178 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  56.59 
 
 
186 aa  205  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  52.3 
 
 
180 aa  184  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  50.87 
 
 
180 aa  179  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  48.02 
 
 
183 aa  179  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  50.87 
 
 
180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  52.63 
 
 
187 aa  174  6e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  52.3 
 
 
180 aa  174  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  52.3 
 
 
180 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  52.3 
 
 
180 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  52.3 
 
 
180 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  52.3 
 
 
180 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  51.72 
 
 
180 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  52.3 
 
 
180 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  51.76 
 
 
177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  51.15 
 
 
180 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 
180 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 
180 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  51.15 
 
 
180 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 
180 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  51.15 
 
 
180 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 
180 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  51.15 
 
 
180 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  51.46 
 
 
179 aa  169  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  49.41 
 
 
178 aa  167  9e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1522  two component transcriptional regulator, Fis family  49.72 
 
 
189 aa  167  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  50.59 
 
 
187 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  50.59 
 
 
186 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  50.59 
 
 
187 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  50.59 
 
 
187 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3711  two component transcriptional regulator, Fis family  48.63 
 
 
192 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3388  two component transcriptional regulator, Fis family  48.63 
 
 
192 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  50 
 
 
187 aa  164  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0040  response regulator transcription regulator protein  46.56 
 
 
192 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  46.7 
 
 
187 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  44.17 
 
 
206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 
187 aa  158  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  45.71 
 
 
184 aa  158  6e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  49.41 
 
 
186 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  50 
 
 
186 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  50 
 
 
186 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  48.54 
 
 
180 aa  155  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2149  response regulator receiver protein  47.22 
 
 
192 aa  154  6e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0520959  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2064  two component Fis family transcriptional regulator  47.22 
 
 
192 aa  154  7e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  48.82 
 
 
186 aa  153  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2880  response regulator receiver protein  49.72 
 
 
178 aa  153  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00796825  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00797  two-component system regulatory protein  47.4 
 
 
178 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0209554  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  47.65 
 
 
186 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  43.82 
 
 
183 aa  151  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  41.81 
 
 
191 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  49.71 
 
 
179 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 
171 aa  145  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  44 
 
 
177 aa  145  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0063  two component response regulator  42.13 
 
 
191 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  41.76 
 
 
184 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  43.43 
 
 
194 aa  142  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3895  two component Fis family transcriptional regulator  43.86 
 
 
182 aa  141  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  42.6 
 
 
192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3370  response regulator receiver protein  44.19 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  42.61 
 
 
208 aa  138  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  42.01 
 
 
192 aa  138  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0321  response regulator receiver protein  40.31 
 
 
186 aa  137  8.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0435098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  40.31 
 
 
199 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  39.77 
 
 
187 aa  136  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  39.77 
 
 
187 aa  136  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  40.22 
 
 
184 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0170  two component Fis family transcriptional regulator  40.22 
 
 
184 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.485216  normal  0.727058 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  40.22 
 
 
184 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3325  two component Fis family transcriptional regulator  41.71 
 
 
199 aa  135  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0552341 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  42.53 
 
 
184 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
198 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4068  response regulator receiver domain-containing protein  41.71 
 
 
186 aa  134  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.158114 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  40.91 
 
 
209 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  40.91 
 
 
200 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
200 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  40.91 
 
 
184 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  40 
 
 
184 aa  132  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  40.98 
 
 
184 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  41.38 
 
 
184 aa  131  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0574  two component transcriptional regulator, Fis family  41.95 
 
 
184 aa  131  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2781  two component Fis family transcriptional regulator  43.53 
 
 
177 aa  131  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2271  two component transcriptional regulator, Fis family  43.53 
 
 
177 aa  131  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  41.95 
 
 
195 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  40 
 
 
184 aa  131  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  41.4 
 
 
188 aa  131  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>