More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0131 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  100 
 
 		 184 aa  373  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  97.83 
 
 		 184 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0574  two component transcriptional regulator, Fis family  95.11 
 
 		 184 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  92.39 
 
 		 195 aa  350  7e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  93.48 
 
 		 184 aa  347  5e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  90.76 
 
 		 184 aa  340  5.999999999999999e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7660  two-component transcriptional regulator RegR  89.13 
 
 		 224 aa  338  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3325  two component Fis family transcriptional regulator  76.3 
 
 		 199 aa  281  4.0000000000000003e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0552341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  76.88 
 
 		 184 aa  277  7e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  76.88 
 
 		 188 aa  276  9e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0321  response regulator receiver protein  73.41 
 
 		 186 aa  275  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0435098 
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  73.41 
 
 		 187 aa  269  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  70.22 
 
 		 200 aa  269  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  70.22 
 
 		 209 aa  269  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  73.41 
 
 		 187 aa  269  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  70.22 
 
 		 200 aa  269  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  74.57 
 
 		 192 aa  268  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  74.57 
 
 		 192 aa  267  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4363  two component Fis family transcriptional regulator  69.66 
 
 		 199 aa  266  8.999999999999999e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0063  two component response regulator  73.99 
 
 		 191 aa  266  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  67.39 
 
 		 198 aa  263  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  67.39 
 
 		 199 aa  262  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 208 aa  261  4e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0150  two component Fis family transcriptional regulator  73.99 
 
 		 187 aa  254  5e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  70.52 
 
 		 194 aa  253  8e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  71.1 
 
 		 184 aa  252  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0170  two component Fis family transcriptional regulator  71.1 
 
 		 184 aa  252  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.485216  normal  0.727058 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  70.52 
 
 		 184 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  69.94 
 
 		 184 aa  250  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  71.1 
 
 		 184 aa  248  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4068  response regulator receiver domain-containing protein  70.52 
 
 		 186 aa  240  9e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.158114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2781  two component Fis family transcriptional regulator  71.68 
 
 		 182 aa  234  7e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.463044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4650  two component Fis family transcriptional regulator  70.25 
 
 		 185 aa  228  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2863  response regulator receiver protein  68.21 
 
 		 183 aa  219  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.59867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  50.29 
 
 		 187 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  49.71 
 
 		 187 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  50.29 
 
 		 186 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 187 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 187 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 182 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1607  two component Fis family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 185 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.016434  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2255  two component transcriptional regulator, Fis family  45.65 
 
 		 185 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0449716  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 187 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2343  two component transcriptional regulator, Fis family  45.65 
 
 		 185 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.888574  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  50.29 
 
 		 186 aa  157  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  50.29 
 
 		 186 aa  157  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  46.51 
 
 		 183 aa  157  8e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  46.37 
 
 		 180 aa  156  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 186 aa  155  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  46.37 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 186 aa  154  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  48.54 
 
 		 186 aa  153  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 180 aa  153  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 180 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  45.25 
 
 		 180 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  45.25 
 
 		 180 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3895  two component Fis family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 182 aa  151  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 187 aa  151  5.9999999999999996e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 179 aa  150  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 180 aa  150  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  45.25 
 
 		 180 aa  150  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4052  two component transcriptional regulator, Fis family  46.24 
 
 		 182 aa  150  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.444391  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  44.64 
 
 		 184 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2271  two component transcriptional regulator, Fis family  47.67 
 
 		 177 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  47.4 
 
 		 177 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2781  two component Fis family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 177 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  42.35 
 
 		 186 aa  146  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  44.51 
 
 		 178 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  47.31 
 
 		 180 aa  145  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5543  two component transcriptional regulator, Fis family  45.98 
 
 		 180 aa  144  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 180 aa  144  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  47.37 
 
 		 179 aa  143  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4063  two component Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 178 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.309785  normal  0.299316 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 		 180 aa  141  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0590  two component Fis family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 188 aa  140  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 		 191 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 180 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  43.65 
 
 		 187 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 179 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2217  two component Fis family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 177 aa  139  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.524127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  44.12 
 
 		 183 aa  139  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  41.38 
 
 		 180 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  43.53 
 
 		 171 aa  138  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  42.27 
 
 		 206 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0236  two component Fis family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 177 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0040  response regulator transcription regulator protein  42.31 
 
 		 192 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  42.37 
 
 		 177 aa  133  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1738  two-component response regulator  44.19 
 
 		 178 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0601  response regulator receiver  41.95 
 
 		 177 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3711  two component transcriptional regulator, Fis family  41.76 
 
 		 192 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3388  two component transcriptional regulator, Fis family  41.76 
 
 		 192 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 200 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2036  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regA  42.69 
 
 		 177 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>