34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3237 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3239  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  39.84 
 
 		 1535 aa  1097    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3237  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  100 
 
 		 1512 aa  3107    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0537  Kelch repeat-containing protein  35.69 
 
 		 1514 aa  545  1e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1066  hypothetical protein  36.44 
 
 		 1193 aa  270  2e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0974046 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2149  hypothetical protein  30.65 
 
 		 847 aa  198  7e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3414  Kelch repeat-containing protein  28.98 
 
 		 1407 aa  175  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.377722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0368  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.54 
 
 		 1453 aa  163  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.120671 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0305  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.71 
 
 		 1451 aa  156  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0627  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  23.84 
 
 		 1501 aa  85.5  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1458  M6 family metalloprotease domain protein  36.3 
 
 		 1004 aa  81.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000451067  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0968  hypothetical protein  35.76 
 
 		 456 aa  73.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0007  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  40.22 
 
 		 911 aa  71.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000289605 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2130  calx-beta domain-containing protein  28.42 
 
 		 932 aa  60.1  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.538147  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  43.75 
 
 		 8871 aa  57.8  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1843  FucA  27.88 
 
 		 750 aa  57  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1516  pectate lyase protein  25.86 
 
 		 1031 aa  55.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000206035  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2251  hypothetical protein  28.8 
 
 		 887 aa  54.7  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00410803  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3723  hypothetical protein  22.49 
 
 		 511 aa  52.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2489  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  26.23 
 
 		 1661 aa  51.2  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0292  hypothetical protein  34.48 
 
 		 1109 aa  52  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4998  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  43.04 
 
 		 1800 aa  51.2  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.329522  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0007  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35.64 
 
 		 913 aa  51.2  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2272  TonB-dependent receptor  33.96 
 
 		 814 aa  50.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3680  hypothetical protein  22.46 
 
 		 549 aa  49.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.431002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2008  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35.29 
 
 		 3168 aa  48.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1918  hypothetical protein  38.24 
 
 		 263 aa  47.8  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3497  TonB-dependent receptor plug  28.77 
 
 		 1036 aa  47.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.124606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4725  polymorphic membrane protein  34.07 
 
 		 1037 aa  47.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.708929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1367  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.43 
 
 		 3396 aa  47  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.410312 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1582  TonB-dependent receptor plug  38.96 
 
 		 853 aa  46.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00843923  normal  0.229135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1588  HAD family hydrolase  26.56 
 
 		 835 aa  45.8  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.570612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0281  hypothetical protein  31.46 
 
 		 1120 aa  45.4  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0292  hypothetical protein  31.46 
 
 		 1122 aa  45.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.740643  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0270  hypothetical protein  31.46 
 
 		 1126 aa  45.4  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>