51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3239 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_0537  Kelch repeat-containing protein  40.86 
 
 		 1514 aa  637    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3237  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  39.84 
 
 		 1512 aa  1095    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3239  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  100 
 
 		 1535 aa  3162    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1066  hypothetical protein  40.8 
 
 		 1193 aa  400  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0974046 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2149  hypothetical protein  33.56 
 
 		 847 aa  256  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0368  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  33.79 
 
 		 1453 aa  205  5e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.120671 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0305  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  33.46 
 
 		 1451 aa  194  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3414  Kelch repeat-containing protein  30 
 
 		 1407 aa  172  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.377722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0627  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.71 
 
 		 1501 aa  120  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2251  hypothetical protein  25.16 
 
 		 887 aa  87.4  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00410803  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1516  pectate lyase protein  32.35 
 
 		 1031 aa  77  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000206035  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1458  M6 family metalloprotease domain protein  29.32 
 
 		 1004 aa  63.5  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000451067  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0174  hypothetical protein  29.75 
 
 		 438 aa  63.9  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1843  FucA  28.92 
 
 		 750 aa  62.8  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2130  calx-beta domain-containing protein  27.78 
 
 		 932 aa  62.4  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.538147  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4998  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  37.04 
 
 		 1800 aa  62  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.329522  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0007  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.84 
 
 		 911 aa  61.6  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000289605 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2489  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.58 
 
 		 1661 aa  53.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3001  chitinase  32.69 
 
 		 2310 aa  53.5  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.426725  normal  0.0460481 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3505  chitinase, cellulase  33.02 
 
 		 2305 aa  52.4  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0820772 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1772  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  25.86 
 
 		 1340 aa  52.4  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4725  polymorphic membrane protein  28.97 
 
 		 1037 aa  51.6  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.708929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2008  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  30.77 
 
 		 3168 aa  52  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0292  hypothetical protein  35.63 
 
 		 1122 aa  50.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.740643  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0281  hypothetical protein  35.63 
 
 		 1120 aa  50.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0666  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  28.44 
 
 		 891 aa  51.2  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1588  HAD family hydrolase  28.07 
 
 		 835 aa  50.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.570612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0601  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  27.72 
 
 		 1118 aa  50.8  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0007  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  36.07 
 
 		 913 aa  50.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1367  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.67 
 
 		 3396 aa  51.2  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.410312 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.81 
 
 		 1180 aa  50.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3680  hypothetical protein  28.83 
 
 		 549 aa  49.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.431002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0270  hypothetical protein  34.48 
 
 		 1126 aa  49.7  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  32.67 
 
 		 8871 aa  49.3  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1910  hypothetical protein  29.93 
 
 		 647 aa  48.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.154238  normal  0.259383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0968  hypothetical protein  32.09 
 
 		 456 aa  48.5  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0657  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  26.8 
 
 		 1113 aa  47.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0893942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4498  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  24.58 
 
 		 1225 aa  47.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3497  TonB-dependent receptor plug  36.08 
 
 		 1036 aa  47.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.124606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3936  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  27.72 
 
 		 1009 aa  47.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00889284  hitchhiker  0.000639264 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1906  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.25 
 
 		 2194 aa  47.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  44.93 
 
 		 778 aa  47  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3185  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  30.85 
 
 		 768 aa  47  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4497  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  23.77 
 
 		 1222 aa  47  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1242  VCBS  30.51 
 
 		 16311 aa  45.8  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1192  hypothetical protein  40.96 
 
 		 667 aa  45.8  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.251244  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1728  hypothetical protein  40.96 
 
 		 657 aa  45.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0868275  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0222  hypothetical protein  40.96 
 
 		 657 aa  45.4  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.640849  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1639  hypothetical protein  40.96 
 
 		 657 aa  45.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0292  hypothetical protein  34.48 
 
 		 1109 aa  45.1  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4044  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  30.91 
 
 		 647 aa  45.1  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>