19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1588 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1588  HAD family hydrolase  100 
 
 
835 aa  1707    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.570612  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0007  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35.44 
 
 
913 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0007  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35 
 
 
911 aa  484  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289605 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1229  PKD domain-containing protein  38.68 
 
 
675 aa  379  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04415  hypothetical protein  32.33 
 
 
424 aa  204  5e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04405  hypothetical protein  32.17 
 
 
469 aa  199  3e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0155  hypothetical protein  31.49 
 
 
538 aa  191  5.999999999999999e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.781085  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04410  hypothetical protein  30.4 
 
 
501 aa  174  9e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07181  conserved hypothetical protein  30.41 
 
 
452 aa  155  4e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.882964  normal  0.428749 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1516  pectate lyase protein  28.51 
 
 
1031 aa  65.1  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000206035  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3395  secreted protein  27.32 
 
 
458 aa  56.6  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.201979  normal  0.899466 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3394  secreted protein  27.12 
 
 
470 aa  55.1  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.118882  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0046  putative secreted protein  27.12 
 
 
636 aa  52.8  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3239  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  28.07 
 
 
1535 aa  50.8  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3739  outer membrane adhesin like proteiin  22.4 
 
 
4231 aa  50.1  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3393  putative secreted protein  26.14 
 
 
471 aa  49.7  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.327426  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0279  cadherin domain/calx-beta domain-containing protein  29.77 
 
 
5899 aa  46.2  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3237  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  26.89 
 
 
1512 aa  45.8  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0890  hypothetical protein  25 
 
 
310 aa  44.3  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>