184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4517 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4517  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  100 
 
 
359 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000540443 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4443  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  100 
 
 
359 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.35226 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4183  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  93.59 
 
 
359 aa  617  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4067  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  93.59 
 
 
359 aa  617  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03834  predicted enzyme IIC component of PTS  93.31 
 
 
359 aa  616  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5409  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  93.31 
 
 
359 aa  616  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4037  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  93.31 
 
 
359 aa  616  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03783  hypothetical protein  93.31 
 
 
359 aa  616  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4488  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  93.31 
 
 
359 aa  616  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4396  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  93.04 
 
 
359 aa  616  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.448765 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3529  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  79.39 
 
 
360 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3658  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  79.39 
 
 
360 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0866  putative fructose-like permease EIIC subunit 2  77.69 
 
 
364 aa  531  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1934  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  63.31 
 
 
352 aa  437  1e-121  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154962  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0825  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  50.71 
 
 
348 aa  324  1e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001309  phosphotransferase system fructose-specific  44.84 
 
 
623 aa  288  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05188  PTS system fructose-specific IIABC component  43.77 
 
 
623 aa  287  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3394  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  47.41 
 
 
467 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1417  PTS system, fructose-specific IIABC component  44 
 
 
621 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0149  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  49.24 
 
 
454 aa  278  7e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00017451  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06592  PTS system fructose-specific IIBC component  45.51 
 
 
466 aa  276  6e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000705  PTS system fructose-specific IIBC component  45.51 
 
 
466 aa  275  8e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1416  PTS system, fructose-specific IIBC component  45.45 
 
 
467 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1684  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  49.67 
 
 
464 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0578  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  46.75 
 
 
452 aa  268  1e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000494031  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0995  PTS system, fructose-like permease IIC component  44.19 
 
 
467 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1170  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  45.56 
 
 
648 aa  261  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0405473  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2897  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  44.82 
 
 
483 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.78081  hitchhiker  0.0087232 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0908  protein-N p-phosphohistidine-sugar phosphotransferase  43.75 
 
 
595 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.011028  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1970  PTS fructose IIC component  45.43 
 
 
575 aa  253  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.239904  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0013  PTS fructose IIC component  44.07 
 
 
462 aa  251  1e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.991255  unclonable  0.00000000838432 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0639  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  46.31 
 
 
456 aa  248  9e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.392906  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3110  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  44.07 
 
 
571 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4714  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  45.12 
 
 
483 aa  248  1e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05184  PTS system fructose-specific IIABC component  42.82 
 
 
635 aa  247  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2745  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  43.77 
 
 
571 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.853205  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001305  phosphotransferase system fructose-specific  42.54 
 
 
635 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2665  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  40.81 
 
 
650 aa  245  6.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2721  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  40.81 
 
 
650 aa  245  6.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1512  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  44.68 
 
 
623 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000350477  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4250  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  44.98 
 
 
602 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.401308  normal  0.782956 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0564  PTS system, fructose-specific, IIABC component  41.76 
 
 
630 aa  243  5e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00489  pts system fructose-specific eiibc component (eiibc-fru) (eii-fru)  46.73 
 
 
580 aa  242  7e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000224  phosphotransferase system fructose-specific IIB and IIC subunit  43.54 
 
 
579 aa  242  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0649  pts system, fructose-specific iiabc component  40.29 
 
 
623 aa  242  7.999999999999999e-63  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.83656  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0550  fructose specific permease  41.47 
 
 
630 aa  242  9e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05960  PTS system fructose-specific IIBC component  42.03 
 
 
581 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0411  pts system, fructose-specific iiabc component  41.84 
 
 
625 aa  241  1e-62  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2863  PTS system, fructose-specific IIBC component (EIIBC-fru) (fructose-permease IIBC component) transmembrane protein  43.35 
 
 
573 aa  238  8e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24563  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0092  PTS system, fructose-specific IIBC component  41.91 
 
 
579 aa  237  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.52822  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0894  PTS system, IIBC component  44.32 
 
 
633 aa  238  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1421  PTS system, fructose-specific IIABC component  42.09 
 
 
633 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3406  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  42.52 
 
 
462 aa  238  2e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0171984  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3553  PTS system fructose-specific IIBC protein  41.62 
 
 
575 aa  236  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.869517  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2649  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  44.07 
 
 
623 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0449  PTS system, fructose-specific IIBC component  40.41 
 
 
580 aa  232  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0612  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  43.77 
 
 
579 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0525  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  39.2 
 
 
680 aa  231  2e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0299  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  39.25 
 
 
690 aa  231  2e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.843252  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2260  PTS system, fructose-specific IIABC components  44.12 
 
 
646 aa  227  3e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0956  phosphotransferase system, fructose-specific IIBC component  40.61 
 
 
584 aa  227  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0823  phosphotransferase system PTS, fructose-specific IIB subunit:PTS fructose IIC component  40 
 
 
580 aa  227  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0795  PTS fructose IIC component  40.55 
 
 
577 aa  226  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.417507  normal  0.264738 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0066  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  38.63 
 
 
503 aa  225  1e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.411939  normal  0.45424 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0795  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  40.35 
 
 
580 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2759  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  38.17 
 
 
392 aa  224  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0818  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  40.35 
 
 
580 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.229245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4398  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  40.96 
 
 
579 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0788  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  40.36 
 
 
574 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2424  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  41.46 
 
 
563 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0829  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  41.03 
 
 
580 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.645522  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1062  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  42.57 
 
 
477 aa  219  3.9999999999999997e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2665  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  44.48 
 
 
575 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.079848  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2032  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  43.81 
 
 
568 aa  219  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2175  phosphotransferase system, fructose IIC component  40.11 
 
 
607 aa  219  7.999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2327  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  41.27 
 
 
562 aa  219  8.999999999999998e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2681  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  41.16 
 
 
566 aa  218  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000131173  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1654  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.06 
 
 
563 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0114872  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0149  phosphotransferase system fructose-specific component IIB  39.42 
 
 
643 aa  218  1e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000221373 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1717  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  42.43 
 
 
456 aa  218  1e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.315956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1526  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  41.16 
 
 
566 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032723  normal  0.0430816 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2762  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  41.16 
 
 
566 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.913344  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1926  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.06 
 
 
563 aa  217  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0618406  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3228  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.85 
 
 
561 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2396  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.91 
 
 
562 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000856102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2554  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.91 
 
 
562 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.695435  hitchhiker  0.000294778 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2440  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.91 
 
 
562 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29785  hitchhiker  0.0000687428 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2352  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.91 
 
 
562 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000111546  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0588  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  41.44 
 
 
626 aa  216  5e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0080  phosphotransferase system, fructose IIC component  39.38 
 
 
671 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0365787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0089  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  39.38 
 
 
671 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0159149 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0070  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  39.38 
 
 
671 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.580369  normal  0.613567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2761  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.85 
 
 
563 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2443  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  40.61 
 
 
562 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00688862  normal  0.279017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1189  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  42.86 
 
 
574 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.667634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1481  PTS system fructose-specific transporter subunits IIBC  39.35 
 
 
563 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00261776  unclonable  0.0000000236485 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1647  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  38.51 
 
 
343 aa  211  1e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3184  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  39.63 
 
 
682 aa  212  1e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.144131  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1491  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  39.33 
 
 
563 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000396602  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2646  phosphotransferase system, fructose IIC component  40.9 
 
 
587 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00238741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>