68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_4007 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_4007  SMF protein  100 
 
 		 297 aa  614  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3998  hypothetical protein  48.25 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0067  hypothetical protein  32.6 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.836373  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3152  hypothetical protein  31.1 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1880  hypothetical protein  28.12 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.361492  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02723  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  29.45 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1440  hypothetical protein  27.71 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399885  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3028  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.06 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2800  hypothetical protein  26.56 
 
 		 268 aa  102  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.812024  hitchhiker  0.0000116766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2546  hypothetical protein  28.06 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0384  hypothetical protein  30.86 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.387534  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2658  Type IV pilus assembly protein PilM  29.14 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0554552  normal  0.893411 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1829  hypothetical protein  30.08 
 
 		 286 aa  99.4  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1439  flavodoxin, long chain  26.97 
 
 		 326 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3539  hypothetical protein  27.08 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1702  hypothetical protein  28.74 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.594136  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1265  hypothetical protein  28.52 
 
 		 291 aa  95.5  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000338125  hitchhiker  0.000790963 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2958  hypothetical protein  27.69 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0672  hypothetical protein  29.51 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0133452  hitchhiker  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1745  hypothetical protein  29.55 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.043423  normal  0.315649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1023  hypothetical protein  29.34 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43760  hypothetical protein  29.2 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2298  hypothetical protein  26.45 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2659  penicillin-binding protein 1A  27.59 
 
 		 287 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0945  ribosomal protein L15  28.57 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000657497 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1464  hypothetical protein  27.46 
 
 		 319 aa  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3294  hypothetical protein  32.58 
 
 		 324 aa  91.3  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3660  GGDEF  27.85 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.419761 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00713  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  29.39 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1423  hypothetical protein  28.12 
 
 		 297 aa  89.4  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6557  hypothetical protein  24.62 
 
 		 310 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3538  hypothetical protein  27.61 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0099  hypothetical protein  29.85 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.238666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2386  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  29.65 
 
 		 295 aa  87  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.565719  hitchhiker  0.000735604 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3704  hypothetical protein  31.46 
 
 		 301 aa  85.9  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126899 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4757  hypothetical protein  25.53 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3670  hypothetical protein  27.6 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.748354  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0149  hypothetical protein  26.81 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2264  hypothetical protein  27.31 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6239  hypothetical protein  25.29 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.90645 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2849  hypothetical protein  24.29 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.535348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1448  hypothetical protein  27.54 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3117  hypothetical protein  30.05 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000955559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0116  hypothetical protein  29.19 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3293  hypothetical protein  29.27 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.370888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0793  hypothetical protein  28.21 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2938  hypothetical protein  28.96 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000623301  normal  0.325762 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3020  type IV pilus assembly protein PilM  29.51 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0040743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3276  hypothetical protein  26.86 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1504  hypothetical protein  29.03 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.400142  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2879  hypothetical protein  24.71 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0257502  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1175  hypothetical protein  27.88 
 
 		 355 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00935505  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2363  hypothetical protein  28.4 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1081  hypothetical protein  29.26 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00106212  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2084  hypothetical protein  28 
 
 		 329 aa  79  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3214  hypothetical protein  27.97 
 
 		 353 aa  79  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00985541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1440  hypothetical protein  29.76 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1141  hypothetical protein  29.41 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0266938  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1309  type IV pilus assembly protein PilM  28.49 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701757  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2998  hypothetical protein  25.62 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2361  exonuclease  26.38 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.13094  normal  0.909289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3407  hypothetical protein  24.8 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1052  hypothetical protein  24.64 
 
 		 333 aa  68.9  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.777652 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2655  hypothetical protein  30 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.129614  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0941  type IV pilus assembly protein PilM  27.54 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00121158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0588  hypothetical protein  30.06 
 
 		 359 aa  67.4  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.370107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3199  putative PAS/PAC sensor protein  24.21 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1206  hypothetical protein  19.57 
 
 		 267 aa  53.1  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0217675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>