70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2938 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_3020  type IV pilus assembly protein PilM  99.09 
 
 		 328 aa  671    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0040743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2938  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  676    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000623301  normal  0.325762 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3117  hypothetical protein  94.53 
 
 		 329 aa  617  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000955559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1081  hypothetical protein  87.5 
 
 		 357 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00106212  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1175  hypothetical protein  87.13 
 
 		 355 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00935505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3214  hypothetical protein  90.35 
 
 		 353 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00985541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1141  hypothetical protein  89.96 
 
 		 359 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0266938  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0941  type IV pilus assembly protein PilM  69.45 
 
 		 287 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00121158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1309  type IV pilus assembly protein PilM  66.92 
 
 		 291 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701757  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2658  Type IV pilus assembly protein PilM  42.5 
 
 		 288 aa  207  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0554552  normal  0.893411 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2879  hypothetical protein  41.56 
 
 		 281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0257502  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1265  hypothetical protein  37.3 
 
 		 291 aa  182  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000338125  hitchhiker  0.000790963 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1439  flavodoxin, long chain  31.56 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3660  GGDEF  36.9 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.419761 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1448  hypothetical protein  33.56 
 
 		 309 aa  180  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3276  hypothetical protein  37.89 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2659  penicillin-binding protein 1A  38.33 
 
 		 287 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1440  hypothetical protein  40.37 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43760  hypothetical protein  42.04 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2361  exonuclease  36.29 
 
 		 285 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.13094  normal  0.909289 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1504  hypothetical protein  37.5 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.400142  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3510  methyl-accepting chemotaxis protein, putative  64.38 
 
 		 324 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3670  hypothetical protein  40.74 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.748354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0384  hypothetical protein  38.75 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.387534  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2546  hypothetical protein  35.29 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0945  ribosomal protein L15  34.71 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000657497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2849  hypothetical protein  32.41 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.535348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2386  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  40.28 
 
 		 295 aa  159  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.565719  hitchhiker  0.000735604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3152  hypothetical protein  36 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1880  hypothetical protein  36.4 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.361492  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2958  hypothetical protein  34.52 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1423  hypothetical protein  37.55 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0672  hypothetical protein  35.58 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0133452  hitchhiker  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0793  hypothetical protein  35.86 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0149  hypothetical protein  31.97 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02723  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  30.49 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3704  hypothetical protein  35.92 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0099  hypothetical protein  32.14 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.238666  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3028  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.61 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0116  hypothetical protein  31.84 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0067  hypothetical protein  34.31 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.836373  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2298  hypothetical protein  28.52 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6557  hypothetical protein  32.89 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6239  hypothetical protein  30.1 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.90645 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1829  hypothetical protein  32.81 
 
 		 286 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2363  hypothetical protein  28.62 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2998  hypothetical protein  31.84 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2264  hypothetical protein  30.93 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3407  hypothetical protein  32.74 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4757  hypothetical protein  28.93 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1745  hypothetical protein  31.22 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.043423  normal  0.315649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3539  hypothetical protein  32.24 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1702  hypothetical protein  32.69 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.594136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1440  hypothetical protein  30.45 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399885  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3538  hypothetical protein  29.33 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1464  hypothetical protein  30.94 
 
 		 319 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2800  hypothetical protein  27.84 
 
 		 268 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.812024  hitchhiker  0.0000116766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1023  hypothetical protein  41.03 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2655  hypothetical protein  31.48 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.129614  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00713  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  31.54 
 
 		 306 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3294  hypothetical protein  30.8 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1206  hypothetical protein  28.57 
 
 		 267 aa  86.3  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0217675  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2084  hypothetical protein  26.67 
 
 		 329 aa  82.4  0.000000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3293  hypothetical protein  35.9 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.370888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3998  hypothetical protein  28.1 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0588  hypothetical protein  25.81 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.370107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4007  SMF protein  28.96 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1052  hypothetical protein  24.18 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.777652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3199  putative PAS/PAC sensor protein  32.35 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1162  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31 
 
 		 304 aa  42.7  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0158774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>