70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3276 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3276  hypothetical protein  100 
 
 		 283 aa  581  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2361  exonuclease  54.65 
 
 		 285 aa  322  5e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.13094  normal  0.909289 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2879  hypothetical protein  46.83 
 
 		 281 aa  259  4e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0257502  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2658  Type IV pilus assembly protein PilM  42.86 
 
 		 288 aa  249  4e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0554552  normal  0.893411 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1265  hypothetical protein  41.52 
 
 		 291 aa  236  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000338125  hitchhiker  0.000790963 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2659  penicillin-binding protein 1A  38.1 
 
 		 287 aa  221  9e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3660  GGDEF  38.57 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.419761 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0941  type IV pilus assembly protein PilM  38.43 
 
 		 287 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00121158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3214  hypothetical protein  36.36 
 
 		 353 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00985541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1440  hypothetical protein  34.83 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1175  hypothetical protein  36.78 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00935505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1081  hypothetical protein  35.95 
 
 		 357 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00106212  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1141  hypothetical protein  36.36 
 
 		 359 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0266938  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1448  hypothetical protein  34.17 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2386  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  35.58 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.565719  hitchhiker  0.000735604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2546  hypothetical protein  33.45 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2938  hypothetical protein  35.04 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000623301  normal  0.325762 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3020  type IV pilus assembly protein PilM  34.65 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0040743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1309  type IV pilus assembly protein PilM  36.19 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701757  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3117  hypothetical protein  33.72 
 
 		 329 aa  175  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000955559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1423  hypothetical protein  33.78 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0945  ribosomal protein L15  37.21 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000657497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0672  hypothetical protein  37.21 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0133452  hitchhiker  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1439  flavodoxin, long chain  33.74 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2849  hypothetical protein  36.71 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.535348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1504  hypothetical protein  36.67 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.400142  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0384  hypothetical protein  37.68 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.387534  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2298  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2363  hypothetical protein  31.64 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3152  hypothetical protein  30.86 
 
 		 286 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0793  hypothetical protein  32.7 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0149  hypothetical protein  29.67 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0067  hypothetical protein  36.84 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.836373  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1829  hypothetical protein  31.23 
 
 		 286 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2958  hypothetical protein  34.58 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02723  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  31.31 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6557  hypothetical protein  33.48 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43760  hypothetical protein  31.58 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2264  hypothetical protein  32.42 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3670  hypothetical protein  31.17 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.748354  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4757  hypothetical protein  31 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1880  hypothetical protein  28.78 
 
 		 319 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.361492  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6239  hypothetical protein  32.64 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.90645 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0099  hypothetical protein  26.43 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.238666  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0116  hypothetical protein  31.84 
 
 		 347 aa  126  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3539  hypothetical protein  28.93 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1464  hypothetical protein  29.93 
 
 		 319 aa  122  8e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3704  hypothetical protein  34.07 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126899 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3028  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.21 
 
 		 332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1745  hypothetical protein  30.54 
 
 		 291 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.043423  normal  0.315649 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2998  hypothetical protein  32.16 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1702  hypothetical protein  29.28 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.594136  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2655  hypothetical protein  31.91 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.129614  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1023  hypothetical protein  32.31 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3294  hypothetical protein  32.37 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2084  hypothetical protein  29.65 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3407  hypothetical protein  27.75 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3538  hypothetical protein  27.68 
 
 		 287 aa  92  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1440  hypothetical protein  32.32 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399885  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00713  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  25 
 
 		 306 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3998  hypothetical protein  26.4 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0588  hypothetical protein  31.35 
 
 		 359 aa  85.1  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.370107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2800  hypothetical protein  23.83 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.812024  hitchhiker  0.0000116766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4007  SMF protein  26.86 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3293  hypothetical protein  27.23 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.370888 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1206  hypothetical protein  26.67 
 
 		 267 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0217675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1052  hypothetical protein  22.04 
 
 		 333 aa  56.2  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.777652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3510  methyl-accepting chemotaxis protein, putative  40.32 
 
 		 324 aa  54.3  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3199  putative PAS/PAC sensor protein  29.75 
 
 		 304 aa  50.8  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1050  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  29.25 
 
 		 477 aa  43.9  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>