68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1829 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1829  hypothetical protein  100 
 
 		 286 aa  584  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2298  hypothetical protein  36.33 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6239  hypothetical protein  35.37 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.90645 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6557  hypothetical protein  32.16 
 
 		 310 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2879  hypothetical protein  34.85 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0257502  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1265  hypothetical protein  32.53 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000338125  hitchhiker  0.000790963 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0067  hypothetical protein  32.4 
 
 		 291 aa  146  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.836373  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3152  hypothetical protein  35.37 
 
 		 286 aa  145  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2361  exonuclease  32.72 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.13094  normal  0.909289 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2546  hypothetical protein  30.22 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2849  hypothetical protein  30.89 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.535348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0384  hypothetical protein  32.55 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.387534  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1081  hypothetical protein  33.46 
 
 		 357 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00106212  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1423  hypothetical protein  31.01 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1141  hypothetical protein  33.58 
 
 		 359 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0266938  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1175  hypothetical protein  33.46 
 
 		 355 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00935505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3276  hypothetical protein  34.16 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3214  hypothetical protein  33.09 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00985541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1440  hypothetical protein  33.33 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2659  penicillin-binding protein 1A  30.07 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1504  hypothetical protein  32.83 
 
 		 314 aa  125  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.400142  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2658  Type IV pilus assembly protein PilM  30.08 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0554552  normal  0.893411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3670  hypothetical protein  31.58 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.748354  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1309  type IV pilus assembly protein PilM  32.66 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701757  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3020  type IV pilus assembly protein PilM  33.2 
 
 		 328 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0040743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3117  hypothetical protein  33.2 
 
 		 329 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000955559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43760  hypothetical protein  31.5 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2938  hypothetical protein  32.81 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000623301  normal  0.325762 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02723  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  29.41 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2655  hypothetical protein  33.88 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.129614  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0793  hypothetical protein  33.64 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0945  ribosomal protein L15  29.39 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000657497 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2084  hypothetical protein  32.87 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3660  GGDEF  32.39 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.419761 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2386  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  29.96 
 
 		 295 aa  118  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.565719  hitchhiker  0.000735604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1448  hypothetical protein  28.25 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0149  hypothetical protein  28.63 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1440  hypothetical protein  32.63 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399885  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1702  hypothetical protein  29.63 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.594136  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2958  hypothetical protein  30.77 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3998  hypothetical protein  29.81 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1439  flavodoxin, long chain  35.75 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0099  hypothetical protein  28.62 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.238666  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0116  hypothetical protein  29.37 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0941  type IV pilus assembly protein PilM  29.8 
 
 		 287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00121158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1745  hypothetical protein  28.4 
 
 		 291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.043423  normal  0.315649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0672  hypothetical protein  29.49 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0133452  hitchhiker  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3028  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.55 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2363  hypothetical protein  27.87 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3704  hypothetical protein  29.76 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1464  hypothetical protein  29.44 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0588  hypothetical protein  39.73 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.370107  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4757  hypothetical protein  27.84 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4007  SMF protein  30.08 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2264  hypothetical protein  27.2 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3539  hypothetical protein  27.08 
 
 		 295 aa  95.5  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1880  hypothetical protein  29.3 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.361492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3407  hypothetical protein  30.56 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00713  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  31.6 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1023  hypothetical protein  32.96 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2998  hypothetical protein  28.34 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3294  hypothetical protein  29.63 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1052  hypothetical protein  27.31 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.777652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2800  hypothetical protein  22.31 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.812024  hitchhiker  0.0000116766 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1206  hypothetical protein  24.37 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0217675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3538  hypothetical protein  24.29 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3293  hypothetical protein  26.87 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.370888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3199  putative PAS/PAC sensor protein  23.39 
 
 		 304 aa  52.8  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>