68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2363 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2363  hypothetical protein  100 
 
 
288 aa  594  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43760  hypothetical protein  34.51 
 
 
301 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3670  hypothetical protein  35.21 
 
 
301 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.748354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0384  hypothetical protein  34.77 
 
 
313 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.387534  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1265  hypothetical protein  33.8 
 
 
291 aa  159  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000338125  hitchhiker  0.000790963 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2361  exonuclease  36.44 
 
 
285 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.13094  normal  0.909289 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2546  hypothetical protein  31.54 
 
 
306 aa  152  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2958  hypothetical protein  33.74 
 
 
290 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02723  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  31.92 
 
 
306 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3276  hypothetical protein  32.9 
 
 
283 aa  149  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1504  hypothetical protein  34.94 
 
 
314 aa  142  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.400142  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1880  hypothetical protein  31.66 
 
 
319 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.361492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1423  hypothetical protein  33.59 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3028  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.66 
 
 
332 aa  139  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2879  hypothetical protein  36.45 
 
 
281 aa  138  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0257502  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1448  hypothetical protein  32.19 
 
 
309 aa  136  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2658  Type IV pilus assembly protein PilM  31.14 
 
 
288 aa  136  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0554552  normal  0.893411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2264  hypothetical protein  32.34 
 
 
314 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2386  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  35.96 
 
 
295 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.565719  hitchhiker  0.000735604 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0067  hypothetical protein  29.33 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.836373  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0945  ribosomal protein L15  33.94 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000657497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3152  hypothetical protein  30.36 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1440  hypothetical protein  33.49 
 
 
298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1439  flavodoxin, long chain  30.27 
 
 
326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0099  hypothetical protein  28.93 
 
 
297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.238666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3660  GGDEF  29.37 
 
 
293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.419761 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0149  hypothetical protein  30.8 
 
 
292 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3704  hypothetical protein  30.36 
 
 
301 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126899 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2849  hypothetical protein  32.62 
 
 
292 aa  122  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.535348  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3117  hypothetical protein  28.84 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000955559  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2938  hypothetical protein  28.62 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000623301  normal  0.325762 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1141  hypothetical protein  31.71 
 
 
359 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0266938  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3020  type IV pilus assembly protein PilM  28.62 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0040743  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1081  hypothetical protein  27.76 
 
 
357 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00106212  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1175  hypothetical protein  31.71 
 
 
355 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00935505  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3214  hypothetical protein  31.71 
 
 
353 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00985541  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0793  hypothetical protein  28.46 
 
 
289 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2659  penicillin-binding protein 1A  30.58 
 
 
287 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209097  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0116  hypothetical protein  32.04 
 
 
347 aa  113  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3407  hypothetical protein  29.28 
 
 
297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1309  type IV pilus assembly protein PilM  29.56 
 
 
291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701757  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0941  type IV pilus assembly protein PilM  27.02 
 
 
287 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00121158  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0672  hypothetical protein  29.95 
 
 
298 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0133452  hitchhiker  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1829  hypothetical protein  27.87 
 
 
286 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3294  hypothetical protein  28.52 
 
 
324 aa  106  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1464  hypothetical protein  27.62 
 
 
319 aa  103  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6557  hypothetical protein  28.95 
 
 
310 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2998  hypothetical protein  29.84 
 
 
318 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1023  hypothetical protein  28.7 
 
 
301 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4757  hypothetical protein  28.45 
 
 
295 aa  99.8  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2655  hypothetical protein  26.97 
 
 
300 aa  99.4  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.129614  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3539  hypothetical protein  26.92 
 
 
295 aa  99  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1702  hypothetical protein  26.67 
 
 
295 aa  99  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.594136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1440  hypothetical protein  28.23 
 
 
304 aa  97.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399885  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1745  hypothetical protein  25.52 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.043423  normal  0.315649 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6239  hypothetical protein  26.2 
 
 
293 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.90645 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3538  hypothetical protein  29.26 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2298  hypothetical protein  29.9 
 
 
294 aa  86.7  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2800  hypothetical protein  24.55 
 
 
268 aa  83.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.812024  hitchhiker  0.0000116766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3293  hypothetical protein  27.05 
 
 
320 aa  82.4  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.370888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4007  SMF protein  28.4 
 
 
297 aa  79.7  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00713  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  22.31 
 
 
306 aa  77  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3998  hypothetical protein  29.95 
 
 
294 aa  76.3  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0588  hypothetical protein  27.24 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.370107  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2084  hypothetical protein  26.78 
 
 
329 aa  70.9  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1206  hypothetical protein  22.85 
 
 
267 aa  67  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0217675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1052  hypothetical protein  23.12 
 
 
333 aa  62  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.777652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3199  putative PAS/PAC sensor protein  25 
 
 
304 aa  61.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>