70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1440 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1440  hypothetical protein  100 
 
 
298 aa  613  9.999999999999999e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1439  flavodoxin, long chain  48.88 
 
 
326 aa  282  4.0000000000000003e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1448  hypothetical protein  47.91 
 
 
309 aa  267  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1504  hypothetical protein  46.9 
 
 
314 aa  257  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.400142  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2849  hypothetical protein  41.09 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.535348  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2879  hypothetical protein  44.74 
 
 
281 aa  218  7e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0257502  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2659  penicillin-binding protein 1A  39.65 
 
 
287 aa  207  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209097  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1265  hypothetical protein  40.33 
 
 
291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000338125  hitchhiker  0.000790963 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2386  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  39.12 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.565719  hitchhiker  0.000735604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2361  exonuclease  39.04 
 
 
285 aa  196  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.13094  normal  0.909289 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0945  ribosomal protein L15  37.33 
 
 
288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000657497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2658  Type IV pilus assembly protein PilM  38.02 
 
 
288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0554552  normal  0.893411 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3214  hypothetical protein  39.74 
 
 
353 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00985541  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1175  hypothetical protein  39.74 
 
 
355 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00935505  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3276  hypothetical protein  34.83 
 
 
283 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1081  hypothetical protein  39.74 
 
 
357 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00106212  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1141  hypothetical protein  39.32 
 
 
359 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0266938  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2938  hypothetical protein  40.37 
 
 
328 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000623301  normal  0.325762 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3020  type IV pilus assembly protein PilM  39.91 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0040743  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3117  hypothetical protein  39.91 
 
 
329 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000955559  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0941  type IV pilus assembly protein PilM  38.07 
 
 
287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00121158  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3660  GGDEF  35.83 
 
 
293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.419761 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0384  hypothetical protein  39.27 
 
 
313 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.387534  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0793  hypothetical protein  39.73 
 
 
289 aa  172  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2546  hypothetical protein  39.45 
 
 
306 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3152  hypothetical protein  36.5 
 
 
286 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43760  hypothetical protein  35.89 
 
 
301 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3670  hypothetical protein  35.12 
 
 
301 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.748354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2958  hypothetical protein  40.25 
 
 
290 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1423  hypothetical protein  34.68 
 
 
297 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1309  type IV pilus assembly protein PilM  35.17 
 
 
291 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701757  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0672  hypothetical protein  34.7 
 
 
298 aa  153  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0133452  hitchhiker  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1880  hypothetical protein  36.69 
 
 
319 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.361492  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0067  hypothetical protein  34.75 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.836373  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02723  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  35.83 
 
 
306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3028  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.76 
 
 
332 aa  145  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3704  hypothetical protein  34.82 
 
 
301 aa  142  9e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126899 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6557  hypothetical protein  34.17 
 
 
310 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0099  hypothetical protein  34.53 
 
 
297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.238666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1464  hypothetical protein  37.44 
 
 
319 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1702  hypothetical protein  35.58 
 
 
295 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.594136  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1745  hypothetical protein  35.1 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.043423  normal  0.315649 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2363  hypothetical protein  33.49 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2298  hypothetical protein  35.27 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2264  hypothetical protein  33.33 
 
 
314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1829  hypothetical protein  33.33 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4757  hypothetical protein  30.28 
 
 
295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0116  hypothetical protein  33.79 
 
 
347 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1440  hypothetical protein  31.21 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399885  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00713  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  31.16 
 
 
306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6239  hypothetical protein  34.54 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.90645 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3407  hypothetical protein  30.47 
 
 
297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0149  hypothetical protein  30.94 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1023  hypothetical protein  33.33 
 
 
301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2655  hypothetical protein  30.52 
 
 
300 aa  109  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.129614  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2998  hypothetical protein  27.11 
 
 
318 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3294  hypothetical protein  35.53 
 
 
324 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2800  hypothetical protein  30.37 
 
 
268 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.812024  hitchhiker  0.0000116766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3538  hypothetical protein  31.86 
 
 
287 aa  106  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3539  hypothetical protein  32.61 
 
 
295 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0588  hypothetical protein  30.61 
 
 
359 aa  97.1  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.370107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3998  hypothetical protein  33.95 
 
 
294 aa  92.8  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2084  hypothetical protein  31.89 
 
 
329 aa  89.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4007  SMF protein  29.76 
 
 
297 aa  79  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1206  hypothetical protein  23.71 
 
 
267 aa  76.6  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0217675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1052  hypothetical protein  26.98 
 
 
333 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.777652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3293  hypothetical protein  32.62 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.370888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3199  putative PAS/PAC sensor protein  26.29 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3510  methyl-accepting chemotaxis protein, putative  45.65 
 
 
324 aa  56.2  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  24.9 
 
 
262 aa  43.5  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>