67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1052 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1052  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  686    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.777652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3199  putative PAS/PAC sensor protein  33.2 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3294  hypothetical protein  28.87 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1023  hypothetical protein  24.32 
 
 		 301 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1423  hypothetical protein  25.58 
 
 		 297 aa  93.2  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43760  hypothetical protein  27.67 
 
 		 301 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3152  hypothetical protein  26.57 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0067  hypothetical protein  25.88 
 
 		 291 aa  89.4  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.836373  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1702  hypothetical protein  22.87 
 
 		 295 aa  89.4  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.594136  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2546  hypothetical protein  26.69 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3670  hypothetical protein  27.24 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.748354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1464  hypothetical protein  21.67 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1745  hypothetical protein  22.87 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.043423  normal  0.315649 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1880  hypothetical protein  22.85 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.361492  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3293  hypothetical protein  24.72 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.370888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1448  hypothetical protein  28.63 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1504  hypothetical protein  27.17 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.400142  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0793  hypothetical protein  27.49 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1440  hypothetical protein  28.64 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399885  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2800  hypothetical protein  22.67 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.812024  hitchhiker  0.0000116766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2386  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  23.34 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.565719  hitchhiker  0.000735604 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02723  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  21.16 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1440  hypothetical protein  26.98 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0588  hypothetical protein  24.14 
 
 		 359 aa  74.7  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.370107  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1829  hypothetical protein  27.31 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0945  ribosomal protein L15  24.32 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000657497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2659  penicillin-binding protein 1A  27.03 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2264  hypothetical protein  25.11 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3020  type IV pilus assembly protein PilM  25 
 
 		 328 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0040743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3214  hypothetical protein  25.23 
 
 		 353 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00985541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3117  hypothetical protein  25.1 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000955559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4007  SMF protein  24.64 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2938  hypothetical protein  24.18 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000623301  normal  0.325762 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3407  hypothetical protein  26.36 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1141  hypothetical protein  24.42 
 
 		 359 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0266938  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2879  hypothetical protein  23.48 
 
 		 281 aa  67  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0257502  hitchhiker  0.00113729 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1175  hypothetical protein  24.88 
 
 		 355 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00935505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4757  hypothetical protein  22.94 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1439  flavodoxin, long chain  25.39 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1081  hypothetical protein  24.88 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00106212  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1265  hypothetical protein  23.85 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000338125  hitchhiker  0.000790963 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3538  hypothetical protein  26.7 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3539  hypothetical protein  22.52 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2363  hypothetical protein  23.12 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0384  hypothetical protein  24.54 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.387534  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6557  hypothetical protein  21.16 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2958  hypothetical protein  23.89 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3028  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.64 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2849  hypothetical protein  22.09 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.535348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3660  GGDEF  24.88 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.419761 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0672  hypothetical protein  24.18 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0133452  hitchhiker  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0941  type IV pilus assembly protein PilM  25.29 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00121158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2658  Type IV pilus assembly protein PilM  25 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0554552  normal  0.893411 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00713  ABC-type amino acid transport/signal transduction system,periplasmic component/domain  24.63 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0149  hypothetical protein  20.42 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3704  hypothetical protein  22.37 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2998  hypothetical protein  21.96 
 
 		 318 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1309  type IV pilus assembly protein PilM  25.24 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701757  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2361  exonuclease  25.17 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.13094  normal  0.909289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6239  hypothetical protein  22.35 
 
 		 293 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.90645 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2298  hypothetical protein  22.9 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3276  hypothetical protein  22.04 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000378061  hitchhiker  0.00588252 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2655  hypothetical protein  19.8 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.129614  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0099  hypothetical protein  22.18 
 
 		 297 aa  53.5  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.238666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3998  hypothetical protein  22.94 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2084  hypothetical protein  22.62 
 
 		 329 aa  50.1  0.00006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0116  hypothetical protein  21.72 
 
 		 347 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>