181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3231 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3231  Na+/H+ antiporter NhaA  100 
 
 
257 aa  520  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674705  normal  0.563929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  44.06 
 
 
270 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  44.79 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.54 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.31 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  42.31 
 
 
264 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.09 
 
 
260 aa  182  6e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  41.92 
 
 
256 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.69 
 
 
255 aa  178  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.91 
 
 
253 aa  178  7e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.25 
 
 
266 aa  176  4e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  41.54 
 
 
255 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.77 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.38 
 
 
255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1443  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.84 
 
 
260 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0320  hypothetical protein  40.71 
 
 
262 aa  170  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00988497  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39 
 
 
253 aa  170  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  37.6 
 
 
253 aa  169  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  37.6 
 
 
253 aa  169  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  37.6 
 
 
253 aa  168  7e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  37.6 
 
 
253 aa  168  8e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  37.21 
 
 
253 aa  168  9e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4284  hypothetical protein  43.1 
 
 
260 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  37.6 
 
 
253 aa  166  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  37.6 
 
 
253 aa  166  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  40.77 
 
 
256 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.84 
 
 
265 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  37.21 
 
 
253 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.17 
 
 
263 aa  165  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1824  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.23 
 
 
261 aa  165  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.436879  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  37.21 
 
 
253 aa  164  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0310  hypothetical protein  39.76 
 
 
261 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.08 
 
 
262 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.08 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.08 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.08 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.08 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.08 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.08 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.21 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  40.23 
 
 
277 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.57 
 
 
258 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2012  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.07 
 
 
300 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0687  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.79 
 
 
259 aa  159  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.660455  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.97 
 
 
262 aa  159  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.49 
 
 
253 aa  159  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0288  hypothetical protein  39.37 
 
 
260 aa  157  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3123  hypothetical protein  36.29 
 
 
273 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0650  hypothetical protein  39.37 
 
 
260 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3853  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.29 
 
 
276 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0570  hypothetical protein  39.37 
 
 
260 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3622  hypothetical protein  41.77 
 
 
262 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.7 
 
 
263 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.65 
 
 
263 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1634  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.91 
 
 
284 aa  156  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.7 
 
 
263 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.65 
 
 
263 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1887  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.3 
 
 
275 aa  155  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3780  hypothetical protein  39.66 
 
 
262 aa  155  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.443365  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.65 
 
 
263 aa  155  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3451  hypothetical protein  38.58 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0386955 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  38.78 
 
 
257 aa  155  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.65 
 
 
263 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  39.1 
 
 
274 aa  154  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3471  hypothetical protein  37.89 
 
 
271 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000602519  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.3 
 
 
263 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4352  hypothetical protein  37.89 
 
 
271 aa  153  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000625396  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3503  hypothetical protein  37.89 
 
 
271 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116395  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3447  hypothetical protein  37.11 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3440  hypothetical protein  37.5 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3336  hypothetical protein  37.89 
 
 
262 aa  152  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02911  predicted dioxygenase  37.5 
 
 
271 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0662  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.5 
 
 
271 aa  152  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02861  hypothetical protein  37.5 
 
 
271 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0659  hypothetical protein  37.5 
 
 
271 aa  152  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3216  hypothetical protein  37.5 
 
 
271 aa  152  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000450029  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2339  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.93 
 
 
285 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.70741  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2653  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.69 
 
 
255 aa  152  5e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2793  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.68 
 
 
264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3641  hypothetical protein  38.86 
 
 
289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3542  hypothetical protein  37.11 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3370  hypothetical protein  37.11 
 
 
276 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39 
 
 
313 aa  151  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  39.15 
 
 
258 aa  151  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3375  hypothetical protein  36.72 
 
 
262 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62567 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2174  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.31 
 
 
284 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804117  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1928  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.66 
 
 
265 aa  150  2e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.601302  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2767  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.54 
 
 
259 aa  150  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.331215  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0752  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.6 
 
 
262 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.257229  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4269  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.86 
 
 
275 aa  149  5e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3418  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.72 
 
 
296 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288553  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2374  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.69 
 
 
284 aa  148  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3243  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  34.73 
 
 
296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  36.6 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3741  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.72 
 
 
296 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  37.61 
 
 
261 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.24 
 
 
260 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0406  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.55 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.182951  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1559  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.84 
 
 
269 aa  145  4.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.64 
 
 
257 aa  145  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>