182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3846 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  100 
 
 
255 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  98.04 
 
 
264 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  91.76 
 
 
255 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  86.67 
 
 
255 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  74.9 
 
 
255 aa  384  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  71.65 
 
 
255 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  72.66 
 
 
256 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  70.98 
 
 
255 aa  368  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  70.2 
 
 
255 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  71.09 
 
 
256 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  50.79 
 
 
313 aa  249  2e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  56.76 
 
 
262 aa  248  7e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  52.51 
 
 
270 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2305  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  51.16 
 
 
289 aa  242  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348966 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  49.61 
 
 
278 aa  241  9e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  49.8 
 
 
258 aa  239  4e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  53.04 
 
 
258 aa  238  5.999999999999999e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  47.24 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.304474 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1860  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  51.93 
 
 
273 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201197  normal  0.214466 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3401  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.98 
 
 
296 aa  228  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  47.29 
 
 
266 aa  228  9e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2494  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  47.22 
 
 
312 aa  225  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.264128  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3741  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.96 
 
 
296 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  49.03 
 
 
277 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3418  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.96 
 
 
296 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288553  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.25 
 
 
263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2101  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.22 
 
 
278 aa  218  6e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.7 
 
 
263 aa  218  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3239  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.68 
 
 
295 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.95 
 
 
265 aa  216  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  42.58 
 
 
253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.53 
 
 
260 aa  216  4e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  42.58 
 
 
253 aa  216  4e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  42.58 
 
 
253 aa  216  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  41.8 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  42.58 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  42.58 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  42.19 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2793  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  49.41 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  42.19 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1824  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.19 
 
 
261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.436879  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  42.19 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.92 
 
 
263 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.53 
 
 
263 aa  211  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1443  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  48.65 
 
 
260 aa  211  7e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.92 
 
 
263 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.53 
 
 
261 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.53 
 
 
263 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.53 
 
 
263 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.53 
 
 
263 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0015  hypothetical protein  47.7 
 
 
296 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.245081 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.8 
 
 
253 aa  209  4e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.8 
 
 
253 aa  208  8e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3526  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.14 
 
 
261 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083912  normal  0.191143 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.19 
 
 
262 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.19 
 
 
262 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.19 
 
 
262 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.19 
 
 
262 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.19 
 
 
262 aa  204  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.19 
 
 
262 aa  204  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.19 
 
 
262 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  43.58 
 
 
261 aa  201  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  42.75 
 
 
262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.54 
 
 
253 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  44.66 
 
 
257 aa  195  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0756  hypothetical protein  47.96 
 
 
292 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1691  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.51 
 
 
269 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.991273  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1685  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.1 
 
 
269 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0209  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.74 
 
 
279 aa  186  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1616  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.1 
 
 
269 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1064  hypothetical protein  48.44 
 
 
268 aa  185  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1887  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.97 
 
 
275 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1603  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.8 
 
 
278 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000796384 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0983  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.17 
 
 
263 aa  179  4.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.793849 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0687  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.25 
 
 
259 aa  177  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.660455  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  42.08 
 
 
274 aa  177  2e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1725  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.59 
 
 
270 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3542  hypothetical protein  42.97 
 
 
262 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1909  hypothetical protein  41.08 
 
 
269 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3440  hypothetical protein  42.58 
 
 
262 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3370  hypothetical protein  42.58 
 
 
276 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3447  hypothetical protein  42.75 
 
 
262 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3375  hypothetical protein  42.58 
 
 
262 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3451  hypothetical protein  43.14 
 
 
262 aa  174  9e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0386955 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  44.35 
 
 
258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0781  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.4 
 
 
272 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2767  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.44 
 
 
259 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.331215  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3231  Na+/H+ antiporter NhaA  42.31 
 
 
257 aa  171  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674705  normal  0.563929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0371  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.18 
 
 
263 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0840822 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0320  hypothetical protein  39.92 
 
 
262 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00988497  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.08 
 
 
253 aa  171  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4352  hypothetical protein  41.57 
 
 
271 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000625396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2839  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.75 
 
 
271 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2964  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.75 
 
 
271 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.988157  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1537  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.17 
 
 
270 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3471  hypothetical protein  41.57 
 
 
271 aa  169  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000602519  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1928  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.49 
 
 
265 aa  169  3e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.601302  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02911  predicted dioxygenase  41.18 
 
 
271 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0659  hypothetical protein  41.18 
 
 
271 aa  169  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0139  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.17 
 
 
266 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>