181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0310 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0310  hypothetical protein  100 
 
 
261 aa  538  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0320  hypothetical protein  95.02 
 
 
262 aa  513  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00988497  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0288  hypothetical protein  85.33 
 
 
260 aa  470  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0650  hypothetical protein  85.33 
 
 
260 aa  470  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0570  hypothetical protein  85.33 
 
 
260 aa  470  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4284  hypothetical protein  83.78 
 
 
260 aa  466  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3622  hypothetical protein  82.38 
 
 
262 aa  448  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3780  hypothetical protein  77.39 
 
 
262 aa  434  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.443365  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4352  hypothetical protein  75.1 
 
 
271 aa  427  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000625396  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3336  hypothetical protein  74.71 
 
 
262 aa  424  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02861  hypothetical protein  73.95 
 
 
271 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02911  predicted dioxygenase  73.95 
 
 
271 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0662  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  73.95 
 
 
271 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0659  hypothetical protein  73.95 
 
 
271 aa  422  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3216  hypothetical protein  73.95 
 
 
271 aa  422  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000450029  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3503  hypothetical protein  74.33 
 
 
271 aa  423  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116395  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3471  hypothetical protein  73.95 
 
 
271 aa  420  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000602519  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3451  hypothetical protein  75.1 
 
 
262 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0386955 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3440  hypothetical protein  75.1 
 
 
262 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3370  hypothetical protein  74.52 
 
 
276 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3447  hypothetical protein  74.13 
 
 
262 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3375  hypothetical protein  74.13 
 
 
262 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62567 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3542  hypothetical protein  74.52 
 
 
262 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0476  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  54.83 
 
 
259 aa  294  8e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.622661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  56.03 
 
 
260 aa  293  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1802  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  56.11 
 
 
265 aa  291  7e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.411096  normal  0.0181188 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3243  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  54.02 
 
 
296 aa  289  3e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1336  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  53.08 
 
 
259 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000105627 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4269  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  51.36 
 
 
275 aa  271  8.000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1704  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  53.25 
 
 
245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0759  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  51.95 
 
 
282 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  51.95 
 
 
282 aa  261  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0779  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  51.95 
 
 
282 aa  261  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.548467 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1095  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  50.38 
 
 
310 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.02 
 
 
253 aa  256  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4445  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.22 
 
 
292 aa  255  6e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0359597  normal  0.141802 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0983  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  47.24 
 
 
263 aa  251  8.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.793849 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3194  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  48.45 
 
 
275 aa  249  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  51.15 
 
 
257 aa  249  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3977  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  50.39 
 
 
283 aa  244  8e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2374  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  48.31 
 
 
284 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3853  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.72 
 
 
276 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0532  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.22 
 
 
266 aa  244  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3641  hypothetical protein  48.24 
 
 
289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  48.85 
 
 
257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3123  hypothetical protein  46.18 
 
 
273 aa  242  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2174  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  47.57 
 
 
284 aa  238  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804117  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2339  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  47.58 
 
 
285 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.70741  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0122  hypothetical protein  44.91 
 
 
289 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186184 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2686  hypothetical protein  44.14 
 
 
257 aa  231  9e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000991963  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1634  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  48.15 
 
 
284 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1138  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.48 
 
 
273 aa  216  4e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.281449  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0993  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.42 
 
 
264 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00681173  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0990  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.04 
 
 
264 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0933  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.63 
 
 
264 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.49 
 
 
263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.1 
 
 
263 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.49 
 
 
263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.49 
 
 
263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.7 
 
 
263 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.1 
 
 
263 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2171  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.25 
 
 
255 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.23 
 
 
260 aa  179  4e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.08 
 
 
266 aa  178  7e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.71 
 
 
255 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  36.43 
 
 
261 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.27 
 
 
255 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.55 
 
 
262 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.55 
 
 
262 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.55 
 
 
262 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.48 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  44.07 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.15 
 
 
262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.15 
 
 
262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.15 
 
 
262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.15 
 
 
262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  38.91 
 
 
253 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3526  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.66 
 
 
261 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083912  normal  0.191143 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.13 
 
 
253 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.51 
 
 
263 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  37.74 
 
 
253 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.13 
 
 
253 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  37.74 
 
 
253 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  37.74 
 
 
253 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  37.74 
 
 
253 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.05 
 
 
261 aa  169  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.25 
 
 
265 aa  169  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.32 
 
 
255 aa  169  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  38.85 
 
 
264 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  37.35 
 
 
253 aa  168  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  37.35 
 
 
253 aa  168  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.92 
 
 
255 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  37.5 
 
 
253 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  40.32 
 
 
255 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  37.89 
 
 
253 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.13 
 
 
255 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  39.13 
 
 
255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.29 
 
 
263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.42 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  37.84 
 
 
258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>