181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2339 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2339  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  100 
 
 
285 aa  586  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.70741  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2374  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  73.33 
 
 
284 aa  431  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2174  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  71.23 
 
 
284 aa  418  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804117  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1634  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  62.81 
 
 
284 aa  376  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4269  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.91 
 
 
275 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4284  hypothetical protein  50.19 
 
 
260 aa  246  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4445  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.68 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0359597  normal  0.141802 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0288  hypothetical protein  50.56 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0650  hypothetical protein  50.56 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0570  hypothetical protein  50.56 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0320  hypothetical protein  47.21 
 
 
262 aa  242  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00988497  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1802  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  48.12 
 
 
265 aa  242  6e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.411096  normal  0.0181188 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.56 
 
 
253 aa  241  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3243  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.86 
 
 
296 aa  239  4e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0310  hypothetical protein  47.58 
 
 
261 aa  238  8e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3853  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.86 
 
 
276 aa  234  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3123  hypothetical protein  44.85 
 
 
273 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3641  hypothetical protein  46.95 
 
 
289 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1095  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.69 
 
 
310 aa  232  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3622  hypothetical protein  47.04 
 
 
262 aa  232  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3780  hypothetical protein  45.35 
 
 
262 aa  232  6e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.443365  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4352  hypothetical protein  45.96 
 
 
271 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000625396  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3471  hypothetical protein  45.96 
 
 
271 aa  231  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000602519  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3194  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  48.68 
 
 
275 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3503  hypothetical protein  45.96 
 
 
271 aa  230  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02911  predicted dioxygenase  45.56 
 
 
271 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0662  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.56 
 
 
271 aa  229  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02861  hypothetical protein  45.56 
 
 
271 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0659  hypothetical protein  45.56 
 
 
271 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3336  hypothetical protein  46.3 
 
 
262 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0476  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.01 
 
 
259 aa  229  4e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.622661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3216  hypothetical protein  45.56 
 
 
271 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000450029  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1336  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.21 
 
 
259 aa  228  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000105627 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3440  hypothetical protein  47.37 
 
 
262 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3375  hypothetical protein  47.17 
 
 
262 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62567 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.98 
 
 
260 aa  226  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3447  hypothetical protein  46.62 
 
 
262 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3370  hypothetical protein  46.62 
 
 
276 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3542  hypothetical protein  46.62 
 
 
262 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3451  hypothetical protein  45.69 
 
 
262 aa  225  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0386955 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  46.07 
 
 
257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2686  hypothetical protein  39.16 
 
 
257 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000991963  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.42 
 
 
257 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0532  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.49 
 
 
266 aa  210  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0983  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.48 
 
 
263 aa  206  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.793849 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0122  hypothetical protein  42.34 
 
 
289 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186184 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1138  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.28 
 
 
273 aa  202  7e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.281449  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1704  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44 
 
 
245 aa  200  3e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.48 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0779  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.48 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.548467 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0759  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.48 
 
 
282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0990  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.4 
 
 
264 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0993  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.4 
 
 
264 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00681173  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0933  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.17 
 
 
264 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.59 
 
 
278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.88 
 
 
255 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3977  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.08 
 
 
283 aa  181  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.04 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  41.53 
 
 
255 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.42 
 
 
263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  41.35 
 
 
255 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  40.74 
 
 
264 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40 
 
 
263 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.42 
 
 
263 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.42 
 
 
263 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.42 
 
 
263 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  36.68 
 
 
253 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.51 
 
 
255 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  39.23 
 
 
270 aa  168  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  42.08 
 
 
274 aa  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.93 
 
 
255 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.58 
 
 
263 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.02 
 
 
266 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2101  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.86 
 
 
278 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  35.91 
 
 
253 aa  165  8e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  37.74 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  38.75 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  38.75 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.58 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2494  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.3 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.264128  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  38.75 
 
 
262 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  39.58 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  35.52 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  38.33 
 
 
262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  38.33 
 
 
262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  38.33 
 
 
262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  38.33 
 
 
262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.7 
 
 
260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.66 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.52 
 
 
253 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  35.52 
 
 
253 aa  161  9e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  35.52 
 
 
253 aa  161  9e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.35 
 
 
255 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.3 
 
 
265 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  35.14 
 
 
253 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  35.14 
 
 
253 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  35.52 
 
 
253 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  40.32 
 
 
258 aa  160  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.92 
 
 
261 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2305  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  34.98 
 
 
289 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348966 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>