196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2536 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  100 
 
 
263 aa  532  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  55.95 
 
 
277 aa  293  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1064  hypothetical protein  62.5 
 
 
268 aa  281  5.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  51.15 
 
 
278 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1887  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  55.08 
 
 
275 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1860  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  47.73 
 
 
273 aa  248  9e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201197  normal  0.214466 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2305  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  50 
 
 
289 aa  248  9e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2101  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  51.15 
 
 
278 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  48.62 
 
 
255 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2494  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.36 
 
 
312 aa  222  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.264128  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  47.04 
 
 
255 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.25 
 
 
255 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.85 
 
 
255 aa  218  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  45 
 
 
264 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2793  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.46 
 
 
264 aa  216  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  48.05 
 
 
262 aa  215  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  46.46 
 
 
256 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.45 
 
 
255 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  45.31 
 
 
255 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  44.27 
 
 
270 aa  211  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  45.31 
 
 
258 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.28 
 
 
258 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  46.85 
 
 
256 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.41 
 
 
263 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.02 
 
 
263 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.64 
 
 
263 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.64 
 
 
263 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.02 
 
 
263 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.67 
 
 
255 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3401  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.17 
 
 
296 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.15 
 
 
260 aa  203  3e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1443  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.91 
 
 
260 aa  201  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.25 
 
 
263 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.38 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3239  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.65 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.09 
 
 
263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3526  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.62 
 
 
261 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083912  normal  0.191143 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  39.23 
 
 
261 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3741  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.28 
 
 
296 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3418  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.93 
 
 
296 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288553  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  42.37 
 
 
257 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.69 
 
 
262 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.69 
 
 
262 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.69 
 
 
262 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.69 
 
 
262 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.69 
 
 
262 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.69 
 
 
262 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.3 
 
 
262 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.08 
 
 
266 aa  186  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.08 
 
 
313 aa  186  5e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.76 
 
 
256 aa  185  6e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.304474 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3123  hypothetical protein  39.69 
 
 
273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3853  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.69 
 
 
276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1824  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.61 
 
 
261 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.436879  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1603  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.42 
 
 
278 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000796384 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0209  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.13 
 
 
279 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0752  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.23 
 
 
266 aa  179  4e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.943488 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4269  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.8 
 
 
275 aa  177  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.69 
 
 
265 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  39.69 
 
 
262 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3194  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.6 
 
 
275 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0687  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.77 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.660455  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  43.72 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1928  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.04 
 
 
265 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.601302  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.72 
 
 
260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  41.77 
 
 
274 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0756  hypothetical protein  42.24 
 
 
292 aa  171  9e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0406  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.22 
 
 
254 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.182951  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4284  hypothetical protein  38.28 
 
 
260 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0015  hypothetical protein  40.5 
 
 
296 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.245081 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.65 
 
 
253 aa  170  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0650  hypothetical protein  39.13 
 
 
260 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0288  hypothetical protein  39.13 
 
 
260 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0570  hypothetical protein  39.13 
 
 
260 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1138  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.98 
 
 
273 aa  168  1e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.281449  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1819  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.67 
 
 
269 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.98 
 
 
257 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0476  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.63 
 
 
259 aa  167  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.622661  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4445  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.27 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0359597  normal  0.141802 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0310  hypothetical protein  36.29 
 
 
261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3641  hypothetical protein  36.29 
 
 
289 aa  165  8e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  35.74 
 
 
253 aa  164  9e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  35.74 
 
 
253 aa  164  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0218  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.25 
 
 
267 aa  165  9e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13640  hypothetical protein  42.24 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00327358  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3219  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.34 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1559  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.66 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  35.32 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  34.89 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  35.32 
 
 
253 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0983  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.66 
 
 
263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.793849 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3243  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  34.38 
 
 
296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  34.89 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3780  hypothetical protein  35.66 
 
 
262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.443365  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3451  hypothetical protein  36.64 
 
 
262 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0386955 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  34.47 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4352  hypothetical protein  36.98 
 
 
271 aa  161  9e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000625396  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  35.32 
 
 
253 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3336  hypothetical protein  36.64 
 
 
262 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  34.47 
 
 
253 aa  161  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>