181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3418 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3418  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  100 
 
 
296 aa  597  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288553  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3741  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  99.32 
 
 
296 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0015  hypothetical protein  90.88 
 
 
296 aa  525  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.245081 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3401  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  54.88 
 
 
296 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3239  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  55.52 
 
 
295 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  47.37 
 
 
255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.23 
 
 
255 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  48.07 
 
 
256 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  46.32 
 
 
264 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.96 
 
 
255 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  45.94 
 
 
255 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  45.74 
 
 
255 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1860  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.55 
 
 
273 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201197  normal  0.214466 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.1 
 
 
255 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  46.67 
 
 
256 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.06 
 
 
278 aa  211  9e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  46.95 
 
 
258 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.51 
 
 
255 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  47.89 
 
 
262 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  43.62 
 
 
270 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  44.33 
 
 
277 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.37 
 
 
263 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.21 
 
 
263 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.21 
 
 
263 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.18 
 
 
263 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.51 
 
 
263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.86 
 
 
258 aa  196  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.81 
 
 
263 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2494  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.45 
 
 
312 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.264128  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.93 
 
 
263 aa  192  7e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2101  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.06 
 
 
278 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2305  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.64 
 
 
289 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348966 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.95 
 
 
261 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1603  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.9 
 
 
278 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000796384 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0209  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.39 
 
 
279 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.26 
 
 
263 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1443  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.91 
 
 
260 aa  188  8e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.62 
 
 
262 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.35 
 
 
262 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.35 
 
 
262 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.35 
 
 
262 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.35 
 
 
262 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.35 
 
 
262 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.35 
 
 
262 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  41.34 
 
 
257 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0756  hypothetical protein  43.15 
 
 
292 aa  185  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3526  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.37 
 
 
261 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083912  normal  0.191143 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  41.6 
 
 
261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  44.76 
 
 
262 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.72 
 
 
260 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  41.2 
 
 
274 aa  179  4e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0687  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.61 
 
 
259 aa  176  6e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.660455  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  44.8 
 
 
258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  34.63 
 
 
313 aa  169  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2171  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.23 
 
 
255 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1928  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.8 
 
 
265 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.601302  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2793  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.85 
 
 
264 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1887  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.22 
 
 
275 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.07 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.46 
 
 
266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3219  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.88 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0752  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.93 
 
 
266 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.943488 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  33.22 
 
 
256 aa  160  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.304474 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_48032  predicted protein  37.6 
 
 
264 aa  160  3e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.209972  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1824  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.48 
 
 
261 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.436879  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1819  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.08 
 
 
269 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0406  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.71 
 
 
254 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.182951  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  33.33 
 
 
253 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  33.09 
 
 
253 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0371  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.33 
 
 
263 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0840822 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  33.33 
 
 
253 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  32.73 
 
 
253 aa  157  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  32.97 
 
 
253 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3780  hypothetical protein  36.43 
 
 
262 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.443365  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  33.33 
 
 
253 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  33.33 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0197  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.5 
 
 
265 aa  156  5.0000000000000005e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0354392  normal  0.896388 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  33.33 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2964  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.02 
 
 
271 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.988157  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  32.61 
 
 
253 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3622  hypothetical protein  36.88 
 
 
262 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1064  hypothetical protein  41.24 
 
 
268 aa  154  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.89 
 
 
265 aa  152  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1725  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.34 
 
 
270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2012  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.03 
 
 
300 aa  152  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13640  hypothetical protein  38.79 
 
 
260 aa  151  1e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00327358  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2374  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.7 
 
 
284 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1802  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.2 
 
 
265 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.411096  normal  0.0181188 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.94 
 
 
253 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4300  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.41 
 
 
292 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.571582 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0218  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.02 
 
 
267 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2839  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.24 
 
 
271 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1685  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.6 
 
 
269 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1691  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.84 
 
 
269 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.991273  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  31.45 
 
 
253 aa  149  6e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1909  hypothetical protein  34.08 
 
 
269 aa  149  7e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1537  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.88 
 
 
270 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2821  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.24 
 
 
270 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2339  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.6 
 
 
285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.70741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0310  hypothetical protein  35.36 
 
 
261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>