186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3219 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3219  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  100 
 
 
276 aa  561  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0371  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  57.25 
 
 
263 aa  307  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0840822 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3169  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  54.51 
 
 
264 aa  299  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3774  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  51.47 
 
 
272 aa  279  4e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.337373  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0197  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  50.38 
 
 
265 aa  258  8e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0354392  normal  0.896388 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4765  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  51.67 
 
 
267 aa  254  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3291  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  55.28 
 
 
269 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117576  normal  0.266258 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2867  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  50.38 
 
 
273 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.592249  normal  0.0803519 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2413  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  53.36 
 
 
274 aa  245  4.9999999999999997e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11500  Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  51.52 
 
 
270 aa  242  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.292462  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1671  hypothetical protein  49.28 
 
 
275 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0452004  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1134  hypothetical protein  44.36 
 
 
272 aa  235  7e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.82212  decreased coverage  0.00700066 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2964  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.74 
 
 
271 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.988157  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1274  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44 
 
 
272 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.348049  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1507  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.47 
 
 
267 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  48.53 
 
 
270 aa  232  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.523275 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1909  hypothetical protein  44.85 
 
 
269 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2839  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.98 
 
 
271 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0172  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  46.91 
 
 
265 aa  228  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152597  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1537  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.98 
 
 
270 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1691  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.49 
 
 
269 aa  228  7e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.991273  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2821  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.98 
 
 
270 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1685  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.12 
 
 
269 aa  227  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3170  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  50.2 
 
 
263 aa  225  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1725  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.7 
 
 
270 aa  225  8e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1616  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.75 
 
 
269 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0139  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.12 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0781  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.94 
 
 
272 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_48032  predicted protein  43.8 
 
 
264 aa  211  7e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.209972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02098  LigB family enzyme  40.61 
 
 
286 aa  192  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.086093  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0687  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.75 
 
 
259 aa  188  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.660455  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1819  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.28 
 
 
269 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  42.28 
 
 
270 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  42.14 
 
 
274 aa  186  5e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0752  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.35 
 
 
266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.943488 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3239  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.82 
 
 
295 aa  178  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3401  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.41 
 
 
296 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  43.65 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  39.85 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.42 
 
 
255 aa  171  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.85 
 
 
260 aa  171  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.19 
 
 
266 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.58 
 
 
253 aa  170  3e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  41.79 
 
 
255 aa  168  8e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.45 
 
 
255 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.21 
 
 
263 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.21 
 
 
263 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13640  hypothetical protein  42.75 
 
 
260 aa  166  4e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00327358  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  40.82 
 
 
255 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0406  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.96 
 
 
254 aa  166  4e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.182951  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.49 
 
 
263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  43.28 
 
 
256 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.48 
 
 
255 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.34 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.6 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  41.42 
 
 
264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3418  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.88 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288553  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.55 
 
 
263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1928  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.62 
 
 
265 aa  163  3e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.601302  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3741  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.23 
 
 
296 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.13 
 
 
263 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.13 
 
 
263 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.13 
 
 
261 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1443  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.89 
 
 
260 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.05 
 
 
263 aa  161  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0218  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.34 
 
 
267 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.67 
 
 
255 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  41.79 
 
 
256 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.7 
 
 
255 aa  158  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.09 
 
 
262 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.09 
 
 
262 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.09 
 
 
262 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.09 
 
 
262 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.09 
 
 
262 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.09 
 
 
262 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  37.09 
 
 
262 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.71 
 
 
313 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3526  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.4 
 
 
261 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083912  normal  0.191143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1860  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.03 
 
 
273 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201197  normal  0.214466 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2793  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40 
 
 
264 aa  153  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.05 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  38.29 
 
 
277 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2767  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.9 
 
 
259 aa  152  7e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.331215  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0209  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.3 
 
 
279 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.15 
 
 
253 aa  149  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1559  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.01 
 
 
269 aa  149  4e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  35.27 
 
 
261 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.35 
 
 
257 aa  148  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0015  hypothetical protein  38.1 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.245081 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  32.71 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  33.96 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.304474 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  32.96 
 
 
253 aa  145  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  36.91 
 
 
257 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  32.85 
 
 
253 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  32.58 
 
 
253 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  32.21 
 
 
253 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  32.58 
 
 
253 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  32.58 
 
 
253 aa  145  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  32.58 
 
 
253 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.69 
 
 
278 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>