184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2867 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2867  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  100 
 
 
273 aa  541  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.592249  normal  0.0803519 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0197  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  65.2 
 
 
265 aa  369  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0354392  normal  0.896388 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1134  hypothetical protein  52.26 
 
 
272 aa  280  2e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.82212  decreased coverage  0.00700066 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1274  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  50 
 
 
272 aa  278  7e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.348049  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11500  Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  54.75 
 
 
270 aa  274  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.292462  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3291  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  51.31 
 
 
269 aa  256  3e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117576  normal  0.266258 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1507  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  51.89 
 
 
267 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4765  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  50.94 
 
 
267 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2413  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  52.85 
 
 
274 aa  247  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3219  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  50.38 
 
 
276 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3169  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  48.09 
 
 
264 aa  244  8e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  50.19 
 
 
270 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.523275 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1725  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.08 
 
 
270 aa  236  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2964  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.7 
 
 
271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.988157  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2839  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.94 
 
 
271 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1537  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.94 
 
 
270 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2821  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.94 
 
 
270 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1671  hypothetical protein  47.78 
 
 
275 aa  226  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0452004  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1909  hypothetical protein  44.23 
 
 
269 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0371  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.04 
 
 
263 aa  225  6e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0840822 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1685  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.85 
 
 
269 aa  221  8e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1691  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.18 
 
 
269 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.991273  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1616  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.42 
 
 
269 aa  215  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3170  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  47.27 
 
 
263 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3774  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  47.74 
 
 
272 aa  205  7e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.337373  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0172  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  41.15 
 
 
265 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152597  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_48032  predicted protein  42.08 
 
 
264 aa  199  5e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.209972  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0139  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.78 
 
 
266 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0781  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.45 
 
 
272 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  44.44 
 
 
274 aa  171  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1443  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.9 
 
 
260 aa  171  9e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  42.42 
 
 
258 aa  171  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1928  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.32 
 
 
265 aa  170  2e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.601302  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02098  LigB family enzyme  35.91 
 
 
286 aa  169  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.086093  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0752  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.09 
 
 
266 aa  168  7e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.943488 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  41.95 
 
 
256 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  44.54 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1819  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.91 
 
 
269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.6 
 
 
263 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  41.48 
 
 
270 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3401  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.45 
 
 
296 aa  158  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.52 
 
 
266 aa  159  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.84 
 
 
260 aa  158  7e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.9 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.9 
 
 
263 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.9 
 
 
263 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.17 
 
 
255 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.5 
 
 
263 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.5 
 
 
263 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.98 
 
 
261 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0687  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.77 
 
 
259 aa  155  9e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.660455  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3239  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.79 
 
 
295 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2767  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.08 
 
 
259 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.331215  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.34 
 
 
263 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0406  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.81 
 
 
254 aa  152  5e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.182951  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.45 
 
 
253 aa  151  8.999999999999999e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.31 
 
 
258 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  38.64 
 
 
264 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2793  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.41 
 
 
264 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.45 
 
 
262 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.42 
 
 
255 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.55 
 
 
262 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.55 
 
 
262 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.55 
 
 
262 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.15 
 
 
262 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  41.25 
 
 
255 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.15 
 
 
262 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.15 
 
 
262 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  43.15 
 
 
262 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.33 
 
 
255 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.68 
 
 
263 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.88 
 
 
255 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13640  hypothetical protein  40.6 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00327358  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.09 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.08 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  44.55 
 
 
258 aa  145  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  31.76 
 
 
253 aa  145  6e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  38.49 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  31.5 
 
 
253 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  31.76 
 
 
253 aa  145  9e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  31.5 
 
 
253 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  31.89 
 
 
253 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  31.89 
 
 
253 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  31.37 
 
 
253 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1559  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.94 
 
 
269 aa  143  3e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  37.79 
 
 
277 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  37.25 
 
 
257 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3526  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.08 
 
 
261 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083912  normal  0.191143 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1064  hypothetical protein  41.29 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0218  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  38.38 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  31.76 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2374  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.61 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  31.37 
 
 
253 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.5 
 
 
255 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  31.76 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3741  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.01 
 
 
296 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4300  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.84 
 
 
292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.571582 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3418  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.71 
 
 
296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288553  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0209  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.92 
 
 
279 aa  136  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1824  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  31.87 
 
 
261 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.436879  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>