More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0717 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0717  monoheme cytochrome c  100 
 
 		 111 aa  228  3e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0009  cytochrome c class I  81.08 
 
 		 111 aa  187  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000357526 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0009  monoheme cytochrome c  81.08 
 
 		 111 aa  186  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00972927 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0009  monoheme cytochrome c  81.08 
 
 		 111 aa  186  9e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0979  cytochrome c class I  52.27 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0035019  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1173  cytochrome c class I  48.75 
 
 		 136 aa  88.6  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000726448 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  42.31 
 
 		 221 aa  73.9  0.0000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  45 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  45 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  40.82 
 
 		 109 aa  71.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  43.75 
 
 		 205 aa  70.9  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  38.37 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0313  cytochrome c552  46.15 
 
 		 100 aa  70.5  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.577665  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 217 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 217 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  34.55 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  34.96 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  35.54 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  37.27 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 217 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  38.24 
 
 		 318 aa  67  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 217 aa  67  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  41.67 
 
 		 217 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 217 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 217 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  34.4 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  43.59 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  44 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  35.24 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  40.48 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  40.48 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  40.48 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  40.48 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  40.48 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  40.48 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  34.74 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  35.51 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  40.48 
 
 		 545 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  38.75 
 
 		 226 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  36.28 
 
 		 217 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  37.65 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  32.14 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05467  cytochrome c  39 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  35.25 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  33.06 
 
 		 206 aa  62  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05667  cytochrome-c oxidase  43.21 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  43.42 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  36.61 
 
 		 217 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  40.3 
 
 		 103 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  32.41 
 
 		 237 aa  61.2  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  36 
 
 		 108 aa  61.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  35.71 
 
 		 217 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  36.54 
 
 		 205 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  30.95 
 
 		 207 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  30.95 
 
 		 207 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  36.54 
 
 		 205 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  36.54 
 
 		 205 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  30.95 
 
 		 207 aa  60.1  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  30.95 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  30.95 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  30.95 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  35.92 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  31.75 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  36.84 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  30.95 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  30.16 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  33.98 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  41.03 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  36 
 
 		 105 aa  58.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000045  cytochrome c553  35.92 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  35.58 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  39.74 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  32.65 
 
 		 226 aa  57.8  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  39.24 
 
 		 205 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  41.25 
 
 		 209 aa  57  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 225 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  34 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  38.24 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  35.24 
 
 		 105 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  35.24 
 
 		 105 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0954  hypothetical protein  34.02 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  35.82 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  36.49 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  35.24 
 
 		 105 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3107  cytochrome c4  39.19 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0350454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  29.36 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0670  cytochrome c553  39.44 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.680454  normal  0.316567 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4453  cytochrome c class I  37.66 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12029  normal  0.150095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2727  cytochrome c4  44.29 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199668  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2873  cytochrome c family protein  40.26 
 
 		 262 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2349  cytochrome c class I  44.29 
 
 		 219 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461178  hitchhiker  0.0000000978123 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  40.85 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>