More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2138 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2138  SSU ribosomal protein S5P  100 
 
 
200 aa  387  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0665154  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1507  ribosomal protein S5  63.16 
 
 
173 aa  189  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.360692  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01340  ribosomal protein S5  63.09 
 
 
166 aa  188  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.162816  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4931  ribosomal protein S5  67.86 
 
 
182 aa  183  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.023543  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1950  30S ribosomal protein S5  64.43 
 
 
169 aa  183  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2035  30S ribosomal protein S5  64.43 
 
 
169 aa  183  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.34488  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2694  ribosomal protein S5  61.07 
 
 
164 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1929  30S ribosomal protein S5  64.43 
 
 
169 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1572  ribosomal protein S5  59.48 
 
 
166 aa  182  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0532593  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0128  30S ribosomal protein S5  60.4 
 
 
166 aa  179  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0124  30S ribosomal protein S5  60.4 
 
 
166 aa  179  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1928  30S ribosomal protein S5  63.09 
 
 
168 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.69161 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3988  ribosomal protein S5  61.74 
 
 
166 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0501123  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1357  ribosomal protein S5  59.74 
 
 
197 aa  175  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0732  ribosomal protein S5  60.42 
 
 
190 aa  175  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0242  ribosomal protein S5  60.13 
 
 
168 aa  174  6e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.529563  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0121  30S ribosomal protein S5  57.05 
 
 
166 aa  174  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0439  30S ribosomal protein S5  59.06 
 
 
166 aa  173  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1728  30S ribosomal protein S5  58.28 
 
 
168 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000123427  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0232  30S ribosomal protein S5  57.72 
 
 
166 aa  171  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010623  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2161  ribosomal protein S5  55.56 
 
 
175 aa  171  5.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0929942  normal  0.978944 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2920  30S ribosomal protein S5  58.78 
 
 
166 aa  171  6.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000379873  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2443  30S ribosomal protein S5  58.39 
 
 
166 aa  171  9e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.995236 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0718  30S ribosomal protein S5  57.72 
 
 
163 aa  170  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.160468  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23300  SSU ribosomal protein S5P  55.56 
 
 
179 aa  170  2e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0615843  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0579  30S ribosomal protein S5  60.39 
 
 
210 aa  169  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.898965  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0303  30S ribosomal protein S5  57.72 
 
 
166 aa  169  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000149284  normal  0.159424 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0127  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00181316  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0127  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000033601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0123  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000320585  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0121  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000828927  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5178  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000595354  unclonable  1.58877e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0127  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0304335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0148  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000129671  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0158  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000826666  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0139  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
166 aa  168  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.93712e-62 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0775  30S ribosomal protein S5  57.05 
 
 
167 aa  168  6e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000409593  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2048  30S ribosomal protein S5  53.64 
 
 
163 aa  167  7e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00145313  normal  0.0102029 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0643  30S ribosomal protein S5  58.94 
 
 
162 aa  167  8e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000275279  hitchhiker  0.000000114757 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0122  30S ribosomal protein S5  55.92 
 
 
166 aa  167  8e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00008348  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0725  ribosomal protein S5  56.86 
 
 
165 aa  167  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.104359  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1724  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 
243 aa  167  1e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00276041  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1748  30S ribosomal protein S5  55.03 
 
 
163 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.749725  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2840  30S ribosomal protein S5  58.94 
 
 
162 aa  166  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.122031  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4304  ribosomal protein S5  60.39 
 
 
205 aa  166  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0859  ribosomal protein S5  59.33 
 
 
182 aa  166  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2316  ribosomal protein S5  60.67 
 
 
167 aa  166  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00562795  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6032  30S ribosomal protein S5  61.07 
 
 
202 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.140148 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2629  30S ribosomal protein S5  60.39 
 
 
200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.192925  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2240  30S ribosomal protein S5  55.03 
 
 
163 aa  165  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109311  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0599  30S ribosomal protein S5  61.07 
 
 
202 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1363  30S ribosomal protein S5  55.63 
 
 
162 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00227785  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0211  SSU ribosomal protein S5P  58.82 
 
 
168 aa  166  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102513  normal  0.321891 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2959  30S ribosomal protein S5  58.28 
 
 
236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0103501  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03154  30S ribosomal protein S5  53.8 
 
 
167 aa  165  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03105  hypothetical protein  53.8 
 
 
167 aa  165  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00221736  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl140  30S ribosomal protein S5  48.02 
 
 
206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1466  30S ribosomal protein S5  54.61 
 
 
169 aa  164  5.9999999999999996e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0323  SSU ribosomal protein S5P  59.48 
 
 
199 aa  164  5.9999999999999996e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179129 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2757  30S ribosomal protein S5  56.38 
 
 
163 aa  164  5.9999999999999996e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0511806  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0340  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000106255  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0175  30S ribosomal protein S5  54.61 
 
 
167 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000490298  decreased coverage  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3984  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183647  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3805  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000511085  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2671  30S ribosomal protein S5  57.62 
 
 
238 aa  164  8e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1103  Ribosomal protein S5-like protein  58.33 
 
 
210 aa  164  8e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1853  ribosomal protein S5  50.98 
 
 
172 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152788  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09830  SSU ribosomal protein S5P  54.25 
 
 
173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0111363  hitchhiker  0.0000146915 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0096  30S ribosomal protein S5  52.32 
 
 
163 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0990487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0201  30S ribosomal protein S5  53.29 
 
 
168 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549797  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0884  30S ribosomal protein S5  57.52 
 
 
167 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.560186  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0230  30S ribosomal protein S5  53.29 
 
 
168 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259388  unclonable  0.00000856318 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0410  ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117054  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4673  30S ribosomal protein S5  53.29 
 
 
168 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000106514  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3692  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0779682  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1168  30S ribosomal protein S5  56.21 
 
 
180 aa  162  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0459782  normal  0.0987019 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3619  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0273199  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3619  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00166416  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3786  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000185577  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4626  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000983466  normal  0.887849 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0410  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  hitchhiker  0.00000284656 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3727  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0653825 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3790  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234503  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0209  ribosomal protein S5  55.86 
 
 
153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3688  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204497  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3888  SSU ribosomal protein S5P  60.4 
 
 
205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3598  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00671988  normal  0.0253177 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3497  30S ribosomal protein S5  53.16 
 
 
167 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000313723  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0268  ribosomal protein S5  56.95 
 
 
233 aa  162  3e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4300  30S ribosomal protein S5  53.29 
 
 
167 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000220088  unclonable  0.0000000000604487 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0422  30S ribosomal protein S5  52.53 
 
 
166 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0728588  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0600  30S ribosomal protein S5  52.53 
 
 
167 aa  161  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155795  normal  0.912114 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0998  ribosomal protein S5  58.5 
 
 
176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.476174  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0300  30S ribosomal protein S5  52.53 
 
 
167 aa  161  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000391785  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3897  30S ribosomal protein S5  52.53 
 
 
167 aa  161  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000777438  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0773  30S ribosomal protein S5  49.04 
 
 
177 aa  161  5.0000000000000005e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0697  30S ribosomal protein S5  54.97 
 
 
162 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0198  30S ribosomal protein S5  53.59 
 
 
171 aa  161  6e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.136971  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4009  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 
180 aa  161  7e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000876107  hitchhiker  0.0000786108 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2047  30S ribosomal protein S5  51.57 
 
 
172 aa  161  7e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0164309  normal  0.432227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>