More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0268 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0268  ribosomal protein S5  100 
 
 		 233 aa  457  9.999999999999999e-129  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1724  30S ribosomal protein S5  85.84 
 
 		 243 aa  334  7.999999999999999e-91  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00276041  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0323  SSU ribosomal protein S5P  71.34 
 
 		 199 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4304  ribosomal protein S5  67.84 
 
 		 205 aa  236  3e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3888  SSU ribosomal protein S5P  68.02 
 
 		 205 aa  236  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.361  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2629  30S ribosomal protein S5  69.23 
 
 		 200 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.192925  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5141  ribosomal protein S5  68.45 
 
 		 200 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.675999 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0579  30S ribosomal protein S5  69.28 
 
 		 210 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.898965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5030  30S ribosomal protein S5  64.36 
 
 		 222 aa  232  3e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00000382419  normal  0.598493 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6032  30S ribosomal protein S5  68.26 
 
 		 202 aa  232  5e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.140148 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0599  30S ribosomal protein S5  68.67 
 
 		 202 aa  231  9e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3689  ribosomal protein S5  70.55 
 
 		 215 aa  230  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  0.000000541133  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1202  30S ribosomal protein S5  68.71 
 
 		 208 aa  229  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.0445875 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1061  30S ribosomal protein S5  62.43 
 
 		 223 aa  228  5e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.000257421  normal  0.422171 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1032  30S ribosomal protein S5  62.43 
 
 		 223 aa  228  5e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00000681641  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1049  30S ribosomal protein S5  62.43 
 
 		 223 aa  228  5e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00405345  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1103  Ribosomal protein S5-like protein  66.27 
 
 		 210 aa  225  5.0000000000000005e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1339  30S ribosomal protein S5  68.94 
 
 		 225 aa  224  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000696393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10735  30S ribosomal protein S5  68.1 
 
 		 220 aa  222  3e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000927793  normal  0.43056 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2671  30S ribosomal protein S5  67.9 
 
 		 238 aa  221  6e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2959  30S ribosomal protein S5  67.28 
 
 		 236 aa  221  7e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0103501  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3400  ribosomal protein S5  65.24 
 
 		 215 aa  218  8.999999999999998e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.608039  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0604  ribosomal protein S5  72.29 
 
 		 218 aa  216  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.221884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23630  SSU ribosomal protein S5P  73.75 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.684257  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0644  ribosomal protein S5  62.33 
 
 		 218 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.883982  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1140  ribosomal protein S5  67.68 
 
 		 210 aa  205  5e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.5558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29570  SSU ribosomal protein S5P  71.43 
 
 		 223 aa  204  6e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.219662  normal  0.79172 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04150  30S ribosomal protein S5  70.55 
 
 		 209 aa  205  6e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6597  30S ribosomal protein S5  69.28 
 
 		 201 aa  202  5e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17000  SSU ribosomal protein S5P  66.47 
 
 		 249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.000000450138  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4490  ribosomal protein S5  62.89 
 
 		 204 aa  192  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4298  30S ribosomal protein S5  61.73 
 
 		 204 aa  192  4e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367672 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3906  30S ribosomal protein S5  61.73 
 
 		 204 aa  192  4e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.497899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20700  SSU ribosomal protein S5P  68.15 
 
 		 232 aa  192  4e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.950879  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2642  ribosomal protein S5  66.67 
 
 		 214 aa  191  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2161  ribosomal protein S5  57.23 
 
 		 175 aa  186  3e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0929942  normal  0.978944 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2694  ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 164 aa  185  5e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3126  ribosomal protein S5  55.35 
 
 		 226 aa  185  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09830  SSU ribosomal protein S5P  57.23 
 
 		 173 aa  184  7e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0111363  hitchhiker  0.0000146915 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0948  ribosomal protein S5  67.97 
 
 		 212 aa  184  8e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.10743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3988  ribosomal protein S5  60.65 
 
 		 166 aa  180  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0501123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2443  30S ribosomal protein S5  59.26 
 
 		 166 aa  179  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.995236 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0439  30S ribosomal protein S5  60.65 
 
 		 166 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1357  ribosomal protein S5  56.71 
 
 		 197 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1507  ribosomal protein S5  58.82 
 
 		 173 aa  177  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.360692  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0859  ribosomal protein S5  56.49 
 
 		 182 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01340  ribosomal protein S5  58.71 
 
 		 166 aa  176  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.162816  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0230  30S ribosomal protein S5  51.88 
 
 		 168 aa  176  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259388  unclonable  0.00000856318 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0242  ribosomal protein S5  60 
 
 		 168 aa  175  5e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.529563  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4300  30S ribosomal protein S5  50.92 
 
 		 167 aa  175  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000220088  unclonable  0.0000000000604487 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0705  ribosomal protein S5  60.23 
 
 		 218 aa  174  9e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0248  30S ribosomal protein S5  50.92 
 
 		 167 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0187  30S ribosomal protein S5  50.31 
 
 		 167 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820766  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0216  30S ribosomal protein S5  50.92 
 
 		 167 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000901319  unclonable  0.0000000000154128 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0211  30S ribosomal protein S5  50.92 
 
 		 167 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0010203  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0165  30S ribosomal protein S5  50.31 
 
 		 167 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000786846  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0216  30S ribosomal protein S5  50.92 
 
 		 167 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000281151  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001725  SSU ribosomal protein S5p (S2e)  50 
 
 		 167 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000199413  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3742  30S ribosomal protein S5  50.31 
 
 		 167 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000003426  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0232  30S ribosomal protein S5  58.71 
 
 		 166 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010623  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0121  30S ribosomal protein S5  56.44 
 
 		 166 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00747  30S ribosomal protein S5  50 
 
 		 167 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0410  ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117054  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3619  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0273199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3790  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3619  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00166416  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0410  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  hitchhiker  0.00000284656 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3727  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0653825 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3598  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00671988  normal  0.0253177 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3692  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0779682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3805  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 166 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000511085  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3688  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204497  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3984  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 166 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183647  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3786  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000185577  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3497  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000313723  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4626  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000983466  normal  0.887849 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0217  30S ribosomal protein S5  49.69 
 
 		 167 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000106861  hitchhiker  0.000109901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3734  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 166 aa  172  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000123332  decreased coverage  0.00107093 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0175  30S ribosomal protein S5  50.31 
 
 		 167 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000490298  decreased coverage  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4153  30S ribosomal protein S5  49.69 
 
 		 167 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000035229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0422  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 166 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0728588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4039  30S ribosomal protein S5  49.69 
 
 		 167 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000362616  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0213  30S ribosomal protein S5  49.69 
 
 		 167 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000121956  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2157  30S ribosomal protein S5  50 
 
 		 167 aa  172  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232198  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0340  30S ribosomal protein S5  51.88 
 
 		 166 aa  171  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000106255  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0725  ribosomal protein S5  54.6 
 
 		 165 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.104359  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4673  30S ribosomal protein S5  50.62 
 
 		 168 aa  171  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000106514  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03154  30S ribosomal protein S5  51.88 
 
 		 167 aa  170  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1814  30S ribosomal protein S5  58 
 
 		 166 aa  171  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0127  30S ribosomal protein S5  58.06 
 
 		 166 aa  170  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000033601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0123  30S ribosomal protein S5  58.06 
 
 		 166 aa  170  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000320585  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0600  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155795  normal  0.912114 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03105  hypothetical protein  51.88 
 
 		 167 aa  170  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00221736  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0158  30S ribosomal protein S5  58.06 
 
 		 166 aa  170  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000826666  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0127  30S ribosomal protein S5  58.06 
 
 		 166 aa  170  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0304335  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2301  30S ribosomal protein S5  58 
 
 		 166 aa  171  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.186174  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0415  ribosomal protein S5  52.41 
 
 		 183 aa  171  1e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0139  30S ribosomal protein S5  58.06 
 
 		 166 aa  170  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.93712e-62 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0300  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000391785  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3897  30S ribosomal protein S5  52.5 
 
 		 167 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000777438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>