More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1833 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1833  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  100 
 
 
296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1542  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  64.75 
 
 
297 aa  346  3e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0206535  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2900  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  63.73 
 
 
296 aa  345  5e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.287224  hitchhiker  0.0000517661 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1308  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.68 
 
 
294 aa  344  8e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.258741  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6723  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  59.25 
 
 
293 aa  338  8e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5817  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  59.25 
 
 
293 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0885665 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0615  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  59.18 
 
 
295 aa  331  1e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3056  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  61.99 
 
 
291 aa  324  9e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.76812 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1870  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.62 
 
 
296 aa  323  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2156  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.75 
 
 
299 aa  321  9.999999999999999e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.501348 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1276  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.27 
 
 
296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1314  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  59.93 
 
 
296 aa  318  5e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.848516  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2122  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.9 
 
 
295 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.337883  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2189  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  61.64 
 
 
314 aa  316  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3091  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  58.64 
 
 
295 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.207365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.62 
 
 
296 aa  315  5e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2556  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  59.87 
 
 
299 aa  315  6e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0861  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.63 
 
 
289 aa  312  3.9999999999999997e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2479  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.9 
 
 
296 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.766336  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3299  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  59.52 
 
 
295 aa  305  7e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.241837  normal  0.0981124 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0647  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.34 
 
 
296 aa  301  6.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.020642  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0422  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.24 
 
 
313 aa  301  1e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4243  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.77 
 
 
298 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.519219  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2525  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.14 
 
 
295 aa  300  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01512  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  56.4 
 
 
291 aa  299  4e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3935  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  59.17 
 
 
295 aa  298  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0632  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  54.11 
 
 
319 aa  298  1e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3581  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.62 
 
 
296 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3050  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.63 
 
 
298 aa  292  5e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0336395  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0127  hypothetical protein  52.74 
 
 
298 aa  291  6e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0142  hypothetical protein  52.05 
 
 
298 aa  288  6e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3782  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  58.7 
 
 
297 aa  288  7e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0297  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.49 
 
 
309 aa  287  1e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3068  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.4 
 
 
289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5012  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.63 
 
 
290 aa  281  8.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.210845  normal  0.196211 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22120  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.4 
 
 
296 aa  281  1e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.218091 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1101  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.12 
 
 
290 aa  278  7e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1078  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.88 
 
 
290 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0733755 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1809  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.92 
 
 
295 aa  276  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1062  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.88 
 
 
290 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0625  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  61.3 
 
 
299 aa  276  3e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.960908  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1089  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.88 
 
 
290 aa  275  9e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0903415  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2005  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.58 
 
 
295 aa  273  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.848417  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1018  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.68 
 
 
297 aa  271  1e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1360  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.7 
 
 
290 aa  271  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.117709  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1148  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.68 
 
 
297 aa  271  1e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2471  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.84 
 
 
300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.657669  decreased coverage  0.00450242 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1337  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  54.27 
 
 
290 aa  269  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431672  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0768  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.31 
 
 
295 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.600561 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1575  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.68 
 
 
298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.880265  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0904  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.03 
 
 
321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.482151 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5958  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.48 
 
 
293 aa  266  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.564119  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001550  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.17 
 
 
301 aa  265  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4666  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.96 
 
 
295 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534341  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4530  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.96 
 
 
295 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0233897  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4931  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.24 
 
 
293 aa  263  4e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.684033  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4664  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.61 
 
 
295 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.128162  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1787  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.14 
 
 
290 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18140  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.01 
 
 
298 aa  261  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2600  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.9 
 
 
299 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00798756  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05487  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.83 
 
 
301 aa  260  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0154  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.14 
 
 
290 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0696  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.96 
 
 
295 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1513  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.01 
 
 
321 aa  259  5.0000000000000005e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000370  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.52 
 
 
298 aa  258  7e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.81552  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1682  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.32 
 
 
300 aa  258  9e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0690  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.57 
 
 
295 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1752  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.21 
 
 
291 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.526559 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10765  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase mmsB  51.56 
 
 
294 aa  257  2e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.17463e-32  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4259  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.61 
 
 
297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1380  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.7 
 
 
301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0240977 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10700  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  54.33 
 
 
297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.694075  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1672  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.68 
 
 
299 aa  253  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.715505  hitchhiker  0.000314937 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2778  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.83 
 
 
309 aa  253  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.104386  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0717  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.94 
 
 
299 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.396436  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3539  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.22 
 
 
299 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.744262  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4382  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.29 
 
 
300 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0783  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.22 
 
 
296 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5326  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.6 
 
 
299 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.012022  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4960  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.6 
 
 
299 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3407  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.6 
 
 
299 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373946  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6083  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.59 
 
 
281 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.662698  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0245  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.56 
 
 
298 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1800  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.56 
 
 
298 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4901  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.94 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0315002  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0223  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.68 
 
 
296 aa  250  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3253  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.85 
 
 
300 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.337633  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2181  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.9 
 
 
298 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0921  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.9 
 
 
298 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0829  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.9 
 
 
298 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601203  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2129  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.23 
 
 
295 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0853416  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5129  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.83 
 
 
297 aa  249  6e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.468786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3690  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.07 
 
 
297 aa  248  8e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.781744  normal  0.0707419 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3659  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.25 
 
 
299 aa  248  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.881887 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3900  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.48 
 
 
289 aa  248  9e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1530  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.66 
 
 
300 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1500  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.66 
 
 
300 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2851  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.66 
 
 
300 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000128399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1494  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.66 
 
 
300 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1343  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.32 
 
 
299 aa  246  4e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.383496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>