More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0647 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0647  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  100 
 
 
296 aa  586  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.020642  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0861  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  74.91 
 
 
289 aa  396  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3056  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  71.28 
 
 
291 aa  388  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.76812 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1542  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  67.35 
 
 
297 aa  366  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0206535  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3050  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  64.38 
 
 
298 aa  340  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0336395  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01512  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60 
 
 
291 aa  335  5.999999999999999e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1276  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.59 
 
 
296 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2122  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  58.31 
 
 
295 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.337883  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5817  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.86 
 
 
293 aa  308  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0885665 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2556  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.29 
 
 
299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3091  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.68 
 
 
295 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.207365 
 
 
-
 
NC_004310  BR1314  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.59 
 
 
296 aa  308  8e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.848516  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1870  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  56.9 
 
 
296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2156  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  56.6 
 
 
299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.501348 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6723  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.52 
 
 
293 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0615  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.63 
 
 
295 aa  305  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1308  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.22 
 
 
294 aa  304  9.000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.258741  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  58.31 
 
 
296 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1101  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  56.31 
 
 
290 aa  296  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2479  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.63 
 
 
296 aa  295  6e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.766336  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3299  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  58.28 
 
 
295 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.241837  normal  0.0981124 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4243  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.97 
 
 
298 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.519219  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2900  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  54.24 
 
 
296 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.287224  hitchhiker  0.0000517661 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3782  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  58.08 
 
 
297 aa  288  9e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2189  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.53 
 
 
314 aa  288  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3935  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  56.61 
 
 
295 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1337  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.29 
 
 
290 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431672  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22120  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.7 
 
 
296 aa  280  3e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.218091 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1833  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  60.34 
 
 
296 aa  273  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1787  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.97 
 
 
290 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0223  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.74 
 
 
296 aa  270  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0154  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  55.97 
 
 
290 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0422  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.32 
 
 
313 aa  268  8e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0632  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  48.8 
 
 
319 aa  268  8.999999999999999e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1907  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.92 
 
 
290 aa  267  1e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.60651  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3068  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.1 
 
 
289 aa  266  2e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2525  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.31 
 
 
295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3581  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  57.29 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0142  hypothetical protein  48.32 
 
 
298 aa  265  7e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18140  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.52 
 
 
298 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1752  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  56.14 
 
 
291 aa  263  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.526559 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0127  hypothetical protein  48.32 
 
 
298 aa  263  2e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1575  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.18 
 
 
298 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.880265  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6083  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.28 
 
 
281 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.662698  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1062  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.37 
 
 
290 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1078  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.37 
 
 
290 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0733755 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001550  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.32 
 
 
301 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1089  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.37 
 
 
290 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0903415  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5012  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  53.45 
 
 
290 aa  259  4e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.210845  normal  0.196211 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0297  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.33 
 
 
309 aa  258  7e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2471  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.84 
 
 
300 aa  258  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.657669  decreased coverage  0.00450242 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4482  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  56.66 
 
 
291 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.217481  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2600  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.03 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00798756  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1682  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.78 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1360  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.71 
 
 
290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.117709  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0768  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.52 
 
 
295 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.600561 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3253  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.02 
 
 
300 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.337633  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000370  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.83 
 
 
298 aa  252  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.81552  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05487  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  48.81 
 
 
301 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1148  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.6 
 
 
297 aa  251  1e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1809  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.31 
 
 
295 aa  250  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1018  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.26 
 
 
297 aa  249  4e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0904  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.97 
 
 
321 aa  249  5e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.482151 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0625  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  58.28 
 
 
299 aa  249  6e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.960908  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0783  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.57 
 
 
296 aa  248  7e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0690  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.57 
 
 
295 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01707  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.4 
 
 
312 aa  247  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.542283  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2005  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  48.97 
 
 
295 aa  246  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.848417  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1380  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.85 
 
 
301 aa  246  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0240977 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4666  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.13 
 
 
295 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534341  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4530  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.13 
 
 
295 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0233897  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2034  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  52.07 
 
 
296 aa  245  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.026377  normal  0.170516 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4664  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.13 
 
 
295 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.128162  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3424  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  48.46 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0751599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0696  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.32 
 
 
295 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3948  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.72 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344524  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2778  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  48.52 
 
 
309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.104386  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1322  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.99 
 
 
300 aa  242  5e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.172587  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1513  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  46.96 
 
 
321 aa  242  6e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1672  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  48.31 
 
 
299 aa  241  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.715505  hitchhiker  0.000314937 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3900  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.31 
 
 
289 aa  242  7e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1800  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.35 
 
 
298 aa  241  9e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3575  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.92 
 
 
297 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1402  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.78 
 
 
300 aa  241  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2129  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.17 
 
 
295 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0853416  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0245  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.31 
 
 
298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10765  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase mmsB  47.93 
 
 
294 aa  239  5e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.17463e-32  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2851  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.44 
 
 
300 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000128399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1530  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.44 
 
 
300 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1500  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.44 
 
 
300 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1494  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.44 
 
 
300 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4931  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.79 
 
 
293 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.684033  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4320  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.03 
 
 
302 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3479  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  50.69 
 
 
296 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000887479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1343  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.78 
 
 
299 aa  236  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.383496  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3441  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.03 
 
 
296 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.065245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3690  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.66 
 
 
297 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.781744  normal  0.0707419 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4046  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  51.03 
 
 
296 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0514793  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0829  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.65 
 
 
298 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601203  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2181  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.65 
 
 
298 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>