58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2097 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 90 aa  187  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  97.78 
 
 		 90 aa  184  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  86.36 
 
 		 90 aa  157  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  70.73 
 
 		 86 aa  124  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  53.01 
 
 		 105 aa  102  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  58.33 
 
 		 96 aa  100  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  57.5 
 
 		 96 aa  99.4  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  53.75 
 
 		 93 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  48.31 
 
 		 99 aa  95.9  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  53.75 
 
 		 93 aa  94.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  49.41 
 
 		 86 aa  94.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  52.44 
 
 		 93 aa  93.6  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  52.44 
 
 		 92 aa  92.8  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  52.44 
 
 		 84 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  48.84 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  48.24 
 
 		 97 aa  89.4  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  47.73 
 
 		 95 aa  87.4  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  51.22 
 
 		 93 aa  87.8  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  47.95 
 
 		 93 aa  87.4  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  51.22 
 
 		 84 aa  87.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  51.22 
 
 		 93 aa  87.8  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  45.35 
 
 		 89 aa  84.3  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.75 
 
 		 92 aa  73.9  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  40.51 
 
 		 89 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.25 
 
 		 101 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.75 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45 
 
 		 88 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.33 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  42.22 
 
 		 92 aa  62  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  39.77 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  38.75 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  42.11 
 
 		 102 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  38.27 
 
 		 91 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.04 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  31.82 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.5 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.04 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  36.36 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.04 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  34.52 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  35.8 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  31.82 
 
 		 102 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  32.18 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.97 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  35.23 
 
 		 98 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  35.23 
 
 		 98 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.97 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  37.7 
 
 		 66 aa  48.9  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  28.74 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  26.44 
 
 		 102 aa  47.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  33.33 
 
 		 361 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  36.84 
 
 		 95 aa  45.1  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0690  coenzyme PQQ synthesis D  30.38 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.397995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  32.1 
 
 		 92 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3916  coenzyme PQQ synthesis D  34.41 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  29.27 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  33.9 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>