58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0291 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 86 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  67.9 
 
 		 96 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  63.41 
 
 		 96 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  57.3 
 
 		 99 aa  114  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  58.14 
 
 		 97 aa  115  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  60 
 
 		 98 aa  107  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  56.79 
 
 		 93 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  55.29 
 
 		 86 aa  103  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  55.42 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  53.57 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  58.75 
 
 		 89 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  53.57 
 
 		 84 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  55.42 
 
 		 93 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  55.42 
 
 		 93 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  55.42 
 
 		 84 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  54.32 
 
 		 93 aa  97.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  49.41 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  50.6 
 
 		 105 aa  94  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  50 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  50 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  51.25 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.57 
 
 		 89 aa  90.9  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.87 
 
 		 93 aa  90.5  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.89 
 
 		 92 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.89 
 
 		 92 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.98 
 
 		 101 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  43.37 
 
 		 95 aa  85.1  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.78 
 
 		 91 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  50 
 
 		 90 aa  82.4  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  51.35 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  50 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.25 
 
 		 94 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  50 
 
 		 91 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.75 
 
 		 88 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  50 
 
 		 91 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  45 
 
 		 98 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.04 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  39.24 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  39.24 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  32.1 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  39.68 
 
 		 66 aa  58.2  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  35.59 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  37.66 
 
 		 95 aa  48.9  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  30.49 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  34.33 
 
 		 102 aa  47  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  31.08 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  28.05 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  29.63 
 
 		 98 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  30.86 
 
 		 98 aa  42.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  32.14 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  29.63 
 
 		 98 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  32.2 
 
 		 362 aa  41.2  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  28.21 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  29.17 
 
 		 91 aa  40.8  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  30.77 
 
 		 361 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  32.2 
 
 		 366 aa  40  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>