61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0247 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 98 aa  200  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  59.77 
 
 		 99 aa  111  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  56.99 
 
 		 97 aa  108  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  60 
 
 		 86 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  51.58 
 
 		 96 aa  102  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  51.09 
 
 		 101 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  54.17 
 
 		 93 aa  96.3  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  54.55 
 
 		 89 aa  95.5  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  51.06 
 
 		 96 aa  95.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  52.94 
 
 		 88 aa  94.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  56.96 
 
 		 93 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  48.84 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  48.24 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.19 
 
 		 89 aa  88.6  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  53.16 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  54.43 
 
 		 93 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  54.43 
 
 		 92 aa  88.2  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  56.63 
 
 		 92 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  52.94 
 
 		 92 aa  87.8  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  54.43 
 
 		 84 aa  87.8  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  55.42 
 
 		 92 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.78 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  54.43 
 
 		 93 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  54.43 
 
 		 84 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  54.43 
 
 		 93 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  49.37 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  45.98 
 
 		 95 aa  81.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  41.86 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.99 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.51 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.44 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.88 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.35 
 
 		 91 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  49.37 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  43.75 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  43.75 
 
 		 105 aa  70.9  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  42.5 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.3 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.3 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  47.83 
 
 		 102 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  43.04 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  48.39 
 
 		 66 aa  58.2  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  35.63 
 
 		 366 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  36.59 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  36.36 
 
 		 99 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  39.71 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  33.75 
 
 		 372 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  33.33 
 
 		 362 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  40 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  38.24 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  31.33 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  37.88 
 
 		 91 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  36.76 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  34.85 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  31.33 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  37.7 
 
 		 92 aa  43.9  0.0007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  32.91 
 
 		 361 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 102 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  31.4 
 
 		 102 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  30.77 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>