48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0406 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  100 
 
 		 91 aa  187  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  97.8 
 
 		 91 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  96.7 
 
 		 91 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  90.11 
 
 		 91 aa  173  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  83.33 
 
 		 91 aa  165  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  68.6 
 
 		 94 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  65.12 
 
 		 98 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  58.82 
 
 		 92 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  58.82 
 
 		 92 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  57.3 
 
 		 101 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  52.94 
 
 		 92 aa  102  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.51 
 
 		 90 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.51 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  46.51 
 
 		 97 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.35 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.15 
 
 		 88 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  50 
 
 		 86 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  50 
 
 		 96 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.78 
 
 		 89 aa  77  0.00000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  44.44 
 
 		 98 aa  75.9  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  42.5 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  45.95 
 
 		 96 aa  72  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  46.25 
 
 		 92 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  45 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  45 
 
 		 84 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  44.59 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  46.25 
 
 		 84 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  39.33 
 
 		 95 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  44.58 
 
 		 93 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  46.25 
 
 		 93 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  46.25 
 
 		 93 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  45.68 
 
 		 89 aa  69.3  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  44.44 
 
 		 86 aa  68.6  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  39.77 
 
 		 93 aa  68.6  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  43.75 
 
 		 93 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  41.33 
 
 		 105 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  38.67 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  38.71 
 
 		 66 aa  54.3  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  35.8 
 
 		 90 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  35.8 
 
 		 90 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  30 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  36.59 
 
 		 88 aa  50.4  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  32.5 
 
 		 91 aa  50.4  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  36.23 
 
 		 95 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  33.8 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  40 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  32.94 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  34.85 
 
 		 362 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>