51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3122 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  100 
 
 		 90 aa  180  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  76.67 
 
 		 90 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  75.56 
 
 		 90 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  54.44 
 
 		 101 aa  110  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  53.33 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  52.22 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  58.23 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  47.13 
 
 		 97 aa  85.9  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  47.67 
 
 		 91 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.51 
 
 		 91 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.51 
 
 		 91 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.51 
 
 		 91 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.75 
 
 		 94 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  42.53 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.02 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  47.37 
 
 		 98 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  48.72 
 
 		 99 aa  75.9  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  43.04 
 
 		 86 aa  74.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  49.37 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  48 
 
 		 93 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.75 
 
 		 93 aa  73.6  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.95 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.3 
 
 		 89 aa  71.6  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  46.67 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  45 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  46.67 
 
 		 93 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  46.67 
 
 		 84 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  45.33 
 
 		 93 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  45.33 
 
 		 92 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  44.3 
 
 		 95 aa  63.5  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  46.15 
 
 		 89 aa  62.8  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  44 
 
 		 84 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  44 
 
 		 93 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  44 
 
 		 93 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  46.03 
 
 		 66 aa  60.1  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  39.19 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  39.74 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  37.97 
 
 		 90 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  37.5 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  35.44 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  38.03 
 
 		 99 aa  50.8  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  38.16 
 
 		 88 aa  50.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  41.82 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  35.21 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  34.62 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  38.57 
 
 		 362 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  37.14 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  34.29 
 
 		 366 aa  40.4  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  34.29 
 
 		 372 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  35.21 
 
 		 361 aa  40.4  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0847  coenzyme PQQ synthesis D  32.1 
 
 		 93 aa  40  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.675494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>