67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1968 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  100 
 
 		 101 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  73.91 
 
 		 92 aa  147  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  71.74 
 
 		 92 aa  144  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  61.54 
 
 		 92 aa  124  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  54.44 
 
 		 90 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  52.22 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  53.33 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  51.09 
 
 		 97 aa  104  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  57.3 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  57.3 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  56.18 
 
 		 91 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  55.06 
 
 		 91 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  51.61 
 
 		 94 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  53.93 
 
 		 91 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  51.09 
 
 		 98 aa  96.7  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  57.47 
 
 		 88 aa  91.7  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  49.4 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.75 
 
 		 90 aa  87.4  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  48.89 
 
 		 99 aa  87  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  45.98 
 
 		 86 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  50.62 
 
 		 96 aa  85.5  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.15 
 
 		 89 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  43.48 
 
 		 93 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  46.91 
 
 		 96 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  44.94 
 
 		 89 aa  78.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  49.23 
 
 		 66 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  47.5 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  44.44 
 
 		 93 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  45.68 
 
 		 92 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  44.44 
 
 		 84 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  45.68 
 
 		 93 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  46.25 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  37.36 
 
 		 102 aa  71.2  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  46.25 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  44.44 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  44.44 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  44.44 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  46.25 
 
 		 86 aa  68.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  40.21 
 
 		 105 aa  67  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  41.89 
 
 		 93 aa  67  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  36.26 
 
 		 95 aa  65.5  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  42.86 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  38.27 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  37.08 
 
 		 366 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  38.75 
 
 		 372 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  45.31 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  36.25 
 
 		 95 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  39.73 
 
 		 362 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  39.71 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  38.46 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  35.87 
 
 		 102 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 102 aa  51.6  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  39.73 
 
 		 361 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  37.93 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  34.78 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  34.02 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  38.71 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0847  coenzyme PQQ synthesis D  37.88 
 
 		 93 aa  47.8  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.675494  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3916  coenzyme PQQ synthesis D  29.47 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  33.7 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1979  coenzyme PQQ synthesis D  37.5 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0690  coenzyme PQQ synthesis D  34.48 
 
 		 100 aa  44.7  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.397995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  32.91 
 
 		 98 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  34.94 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  31.65 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  36.21 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  31.65 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>