48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6167 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 84 aa  170  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  98.81 
 
 		 93 aa  169  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  94.05 
 
 		 92 aa  164  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  92.86 
 
 		 84 aa  160  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  91.67 
 
 		 93 aa  159  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  91.67 
 
 		 93 aa  159  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  84.15 
 
 		 93 aa  144  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  77.78 
 
 		 93 aa  134  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  62.5 
 
 		 96 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  59.26 
 
 		 96 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  61.25 
 
 		 86 aa  106  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  53.57 
 
 		 86 aa  101  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  54.32 
 
 		 99 aa  96.3  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  56.25 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  52.44 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  52.44 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  50.63 
 
 		 89 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  55 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  51.25 
 
 		 97 aa  89  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  56.25 
 
 		 89 aa  87.8  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  54.43 
 
 		 98 aa  87.8  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  49.4 
 
 		 105 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.83 
 
 		 93 aa  78.2  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  45.12 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  49.38 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.58 
 
 		 94 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.44 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.91 
 
 		 92 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.21 
 
 		 88 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45 
 
 		 91 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.91 
 
 		 92 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.75 
 
 		 91 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  44.58 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  46.67 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  42.86 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  41.03 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  39.74 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  33.73 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  42.37 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 102 aa  47  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  46.3 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  32.93 
 
 		 105 aa  43.9  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  31.08 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  30.49 
 
 		 102 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  32.93 
 
 		 92 aa  40.4  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>