42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0453 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 92 aa  187  5.999999999999999e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  56.47 
 
 		 102 aa  94  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0847  coenzyme PQQ synthesis D  47.19 
 
 		 93 aa  87  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.675494  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  50.57 
 
 		 99 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  48.86 
 
 		 95 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0690  coenzyme PQQ synthesis D  46.07 
 
 		 100 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.397995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  43.68 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3916  coenzyme PQQ synthesis D  41.11 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  44.83 
 
 		 102 aa  73.9  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  44.3 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  46.59 
 
 		 361 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.18 
 
 		 366 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.18 
 
 		 372 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  42.86 
 
 		 91 aa  68.2  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  41.38 
 
 		 105 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  42.05 
 
 		 362 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  41.98 
 
 		 102 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  43.21 
 
 		 102 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  43.21 
 
 		 102 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  39.29 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  52.83 
 
 		 92 aa  60.5  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1979  coenzyme PQQ synthesis D  40.26 
 
 		 98 aa  60.5  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  41.46 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  37.8 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  37.8 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  39.77 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  36.05 
 
 		 92 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  35.37 
 
 		 93 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  39.44 
 
 		 715 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  43.86 
 
 		 88 aa  45.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  31.33 
 
 		 98 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  32.56 
 
 		 93 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  32.1 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  32.1 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  31.71 
 
 		 88 aa  42  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  30.86 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  34.15 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  36.21 
 
 		 101 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  31.43 
 
 		 429 aa  40.8  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  26.67 
 
 		 89 aa  40.4  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  32.93 
 
 		 93 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  32.93 
 
 		 84 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>