54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2032 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 102 aa  204  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  89.22 
 
 		 102 aa  185  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  84.31 
 
 		 102 aa  176  7e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  80.61 
 
 		 105 aa  163  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  76 
 
 		 102 aa  156  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  53.12 
 
 		 98 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  50.52 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  51.04 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  52.56 
 
 		 102 aa  87  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  51.72 
 
 		 361 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  48.31 
 
 		 91 aa  82.8  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  46.91 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  45.36 
 
 		 99 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1979  coenzyme PQQ synthesis D  48.72 
 
 		 98 aa  73.6  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.13 
 
 		 372 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  49.38 
 
 		 366 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  49.38 
 
 		 362 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0847  coenzyme PQQ synthesis D  44.83 
 
 		 93 aa  70.1  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.675494  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  41.67 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  42.5 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  41.98 
 
 		 92 aa  65.5  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  41.67 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3916  coenzyme PQQ synthesis D  43.9 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  43.75 
 
 		 102 aa  59.7  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  40.96 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  36.84 
 
 		 93 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  33.73 
 
 		 90 aa  57  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  34.88 
 
 		 95 aa  57  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  31.82 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  31.03 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  32.18 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0690  coenzyme PQQ synthesis D  34.21 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.397995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  40 
 
 		 92 aa  51.2  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  34.78 
 
 		 101 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  30.49 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  28.72 
 
 		 93 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  31.03 
 
 		 90 aa  44.7  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  29.76 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  28.57 
 
 		 105 aa  44.7  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  31.52 
 
 		 93 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1689  hypothetical protein  38 
 
 		 281 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000531996  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  29.76 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  31.4 
 
 		 98 aa  42  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  30.49 
 
 		 84 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  34.67 
 
 		 92 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  33.33 
 
 		 89 aa  40.8  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1766  hypothetical protein  36 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0732686  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  30.49 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  40 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  30.49 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  29.27 
 
 		 92 aa  40  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  26.6 
 
 		 97 aa  40  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  30.49 
 
 		 84 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>