32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3916 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3916  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 98 aa  191  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0690  coenzyme PQQ synthesis D  54.84 
 
 		 100 aa  105  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.397995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  47.87 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0847  coenzyme PQQ synthesis D  48.31 
 
 		 93 aa  76.3  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.675494  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  41.11 
 
 		 92 aa  73.9  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.62 
 
 		 366 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  44.32 
 
 		 99 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  47.73 
 
 		 102 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.18 
 
 		 362 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  43.18 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.32 
 
 		 372 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1979  coenzyme PQQ synthesis D  42.86 
 
 		 98 aa  66.6  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  38.95 
 
 		 95 aa  66.2  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  42.35 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  38.54 
 
 		 361 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  43.68 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  43.68 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  43.9 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  43.9 
 
 		 102 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  42.53 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  42.68 
 
 		 102 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  40.24 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  40.54 
 
 		 105 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  35.63 
 
 		 91 aa  51.2  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  34.74 
 
 		 102 aa  50.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  53.33 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  29.47 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  35.71 
 
 		 90 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  34.83 
 
 		 90 aa  43.9  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  34.41 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  31.4 
 
 		 97 aa  42  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  31.03 
 
 		 92 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>