35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2360 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 102 aa  201  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  56.47 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3916  coenzyme PQQ synthesis D  47.87 
 
 		 98 aa  86.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0690  coenzyme PQQ synthesis D  45.05 
 
 		 100 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.397995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0847  coenzyme PQQ synthesis D  48.1 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.675494  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  51.22 
 
 		 99 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  50 
 
 		 95 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.98 
 
 		 362 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.68 
 
 		 366 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.68 
 
 		 372 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  44.05 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  41.57 
 
 		 95 aa  69.7  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  40.91 
 
 		 91 aa  68.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  42.53 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  40.66 
 
 		 361 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1979  coenzyme PQQ synthesis D  41.57 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  43.42 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  41.67 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  41.67 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  42.86 
 
 		 105 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  41.67 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  38.46 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  39.33 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  43.37 
 
 		 92 aa  50.4  0.000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  38.3 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.21 
 
 		 92 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  38.2 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  38.2 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  31.33 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.14 
 
 		 90 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  36.84 
 
 		 715 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  33.78 
 
 		 92 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  33.78 
 
 		 92 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  28.26 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0768  hypothetical protein  27.78 
 
 		 124 aa  40  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>