45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3420 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3420  coenzyme PQQ synthesis D  100 
 
 		 102 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0250463  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2032  coenzyme PQQ synthesis D  89.22 
 
 		 102 aa  185  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2160  coenzyme PQQ synthesis D  86.27 
 
 		 102 aa  179  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0882  coenzyme PQQ synthesis D  80.81 
 
 		 105 aa  161  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6303  coenzyme PQQ synthesis protein D  75.25 
 
 		 102 aa  154  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0791  putative pyrroloquinoline quinone synthesis protein D  51.65 
 
 		 98 aa  103  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2447  coenzyme PQQ synthesis D  51.65 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0183813 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0389  coenzyme PQQ synthesis D  51.65 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.886255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1150  coenzyme PQQ synthesis D  53.85 
 
 		 102 aa  87  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00942325 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0080  coenzyme PQQ synthesis D  49.45 
 
 		 91 aa  85.5  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  55.7 
 
 		 361 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3320  coenzyme PQQ synthesis D  48.15 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.62 
 
 		 362 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1979  coenzyme PQQ synthesis D  44.83 
 
 		 98 aa  72  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  46.59 
 
 		 372 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  49.38 
 
 		 366 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5989  coenzyme PQQ synthesis D  46.07 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.894408  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  43.75 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5767  coenzyme PQQ synthesis D  43.82 
 
 		 95 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.986527  normal  0.838308 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0847  coenzyme PQQ synthesis D  48.1 
 
 		 93 aa  68.2  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.675494  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0453  coenzyme PQQ synthesis D  43.21 
 
 		 92 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2360  coenzyme PQQ synthesis D  41.67 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3916  coenzyme PQQ synthesis D  43.9 
 
 		 98 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  39.76 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  36.84 
 
 		 93 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  33.73 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  36.05 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  40.62 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0690  coenzyme PQQ synthesis D  35.53 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.397995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  33.33 
 
 		 90 aa  53.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  31.82 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  35.87 
 
 		 101 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01589  bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D (Pyrroloquinolinequinone biosynthesis protein C/D)  42.05 
 
 		 92 aa  51.2  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  31.33 
 
 		 86 aa  50.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  37.18 
 
 		 92 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  32.14 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  30.67 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0730  coenzyme PQQ synthesis D  28.57 
 
 		 105 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240294  normal  0.0491643 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  28.72 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  29.41 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  29.27 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  32.84 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  34.62 
 
 		 92 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  30.77 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  27.66 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>