45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2681 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2681  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  100 
 
 		 90 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  96.67 
 
 		 90 aa  176  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  76.67 
 
 		 90 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0274282  normal  0.299906 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  52.22 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00486118  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  51.11 
 
 		 92 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3306  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  50 
 
 		 92 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41650  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  53.16 
 
 		 92 aa  92  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0406  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.35 
 
 		 91 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4673  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  48.05 
 
 		 94 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0402  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.35 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0377  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  45.35 
 
 		 91 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  44.19 
 
 		 91 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4826  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  43.02 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3054  coenzyme PQQ synthesis D  43.59 
 
 		 97 aa  73.9  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0510  coenzyme PQQ synthesis protein D  44.16 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0858  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  36.78 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0247  coenzyme PQQ synthesis D  44.3 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00271715 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0291  coenzyme PQQ synthesis D  39.24 
 
 		 86 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.722803 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1701  coenzyme PQQ synthesis D  42.31 
 
 		 99 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6511  coenzyme PQQ synthesis D  44 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474205  normal  0.0408784 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2250  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  39.19 
 
 		 88 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0811442  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  38.75 
 
 		 93 aa  62  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0178012  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2622  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD  39.24 
 
 		 89 aa  60.8  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2469  pyrroloquinoline quinone synthesis D  42.67 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.516173 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7190  coenzyme PQQ synthesis D  40 
 
 		 93 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0181035  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2834  coenzyme PQQ synthesis D  43.66 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.93819  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6167  coenzyme PQQ synthesis D  39.74 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5900  coenzyme PQQ synthesis D  39.74 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.512535 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1681  coenzyme PQQ synthesis D  39.68 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1781  coenzyme PQQ synthesis D  38.46 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.654523  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2455  coenzyme PQQ synthesis D  35.44 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5966  coenzyme PQQ synthesis D  38.46 
 
 		 92 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.563471  normal  0.0171853 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2491  coenzyme PQQ synthesis D  37.97 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0887783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2097  coenzyme PQQ synthesis D  37.97 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.274384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4037  coenzyme PQQ synthesis D  38.36 
 
 		 86 aa  50.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0308  putative coenzyme PQQ synthesis protein D  36 
 
 		 93 aa  50.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0888365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2587  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D  37.84 
 
 		 89 aa  50.4  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0672438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5161  coenzyme PQQ synthesis D  38.46 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3248  coenzyme PQQ synthesis D  38.46 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5120  coenzyme PQQ synthesis D  38.46 
 
 		 84 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.821568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2176  coenzyme PQQ synthesis D  37.93 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1800  coenzyme PQQ synthesis D  38.18 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0396916  normal  0.780369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  35.71 
 
 		 362 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  35.71 
 
 		 372 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  35.71 
 
 		 366 aa  40.4  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>